我國特有的主計制度創制於七十年前，涵蓋政府歲計（預算及決算）、會計、統計業務，與公庫（財政部主管）、審計（審計部主管）共同構成政府財務的聯綜體系。主計制度創制時，於國民政府主席之下設文官長、參軍長、主計長三職，分掌國家文官、武官及主計事宜，因此主計法令之處分效力及於各級政府及各機關。
行憲後因應五權分立，主計業務改隸行政院，但主計法令仍適用於全國，故均冠以「各機關」字樣。其中之預算制度乃以民國二十一年公布施行的預算法為基礎，由於必須顧及預算的預測性質，故採剛性與彈性並顧的方式立法。其剛性表現之條文，有如「中華民國中央政府預算之籌劃、編造、審議、成立及執行，依本法之規定。」（預算法第一條）、「因擔保、保證或契約可能造成未來會計年度之支出者，應於預算書中列表說明，其對國庫有重大影響者，並應向立法院報告」（預九）、「政府歲入與歲出、債務之舉借與以前年度歲計賸餘之移用及債務之償還，均應編入其預算。」（預十三）、「政府經常收支，應保持常衡，．．．」（預二十四）、「政府不得於預算所定外，動用公款、處分公有財物或為投資之行為。」（預二十五）、「政府大宗動產、不動產之買賣或交換，均須依據本法所定預算程序為之。」（預二十六）、「政府非依法律，不得於其預算外增加債務；．．．」（預二十七）。這些規定，旨在嚴格規範政府運用公款的合理、公開及接受監督，使弊端達到最小。在預算法之上，復有憲法層次的預算程序，憲法規定之「行政院院長．．．須將應行提出於立法院之法律案、預算案、或戒嚴案、大赦案、宣戰案、媾和案、條約案及其他重要事項．．．提出於行政院會議議決之。」（憲法第五十八條）、「行政院．．．應將下年度預算案提出立法院」（憲五十九）、「行政院．．．應提出決算於監察院」（憲六十）、「立法院有議決法律案、預算案．．．及國家其他重要事項之權。」（憲六十三），「立法院對於行政院所提預算案，不得為增加支出之提議。」（憲七十），使得預算程序之權責脈絡鮮明，其中籌劃、編製權屬行政院，審議、成立權屬立法院、執行則由各機關負責，主計、審計及財政機關監督。預算案經行政院會議通過，立法院三讀審議及總統公布等程序，復與法律相同，故法定預算乃措施性法律（釋字第三九一號解釋），肯定了預算具有強制規範之法律性質，其效力與法律無異，此亦為財務民主主義及國會「預算高權」所揭櫫的主張。
二、預算執行之監督
為了有效監督法定預算之執行，憲法特別設計審計權，故於憲法規定監察院設審計長，依法審核行政院所提出之決算（憲一0四、一0五），並明訂審計權職為「監督預算之執行．．．」（審計法第二條）、「審計機關考核各機關之績效，如認為有未盡職責或效能過低者．．．應報告監察院．．．」（審六十九）。以上對於預算自籌劃至審議、執行、監督之程序規定，體系完備周延，且對公務預算與事業預算、單位預算與附屬單位預算之間，所依規定並無重大本質上的差異。行政部門的預算執行監督，從八十年度至八十七年度，均須依總預算執行條例，要求對預算執行不力的機關首長及相關主管應予議處。八十七年預算法修正後，預算執行改依預算法（第五十五條至七十八條）專章規定辦理，議處部分改依「行政院暨所屬各機關計畫預算執行考核獎懲作業要點」（八十九年八月三日行政院修正公布）辦理，其第四點規定「全年度計畫預算執行進度．．．未達全年度百分之九十者，相關主管人員依下列標準予以議處．．．。」第五點規定「．．．所稱不可抗拒之特殊因素，．．．，其規定如下：（一）．．．1.因民意機關之決議，．．．，致所列預算無法據以執行，進度落後、緩辦或停辦者。」其中並無規定可由行政部門單方面決定停止執行法定預算。
三、預算制度之彈性
由於施政經緯萬端，預算自籌編至執行完畢亦長達二年以上，預算科目亦不可能巨細無遺，故須有彈性規定，方不致於執行時產生窒礙，如「預算應設預備金．．．」（預二十二）、「各機關之歲出分配預算．．．應按中央主計機關之規定流用之。．．．」、「預算之執行，遇國家發生特殊事故而有裁減經費之必要時，得經行政院審議之決議，呈請總統裁減之。」（預七十一）、「各機關．．．得請求提出追加歲出預算．．．」（預七十九）、「法定歲入有特別短收之情勢．．．由行政院提出追加、追減預算調整之」（預八十一）、「．．．行政院．．．得提出特別預算」（預八十三）、「附屬單位預算之執行，如因市場狀況之重大變遷．．．報經行政核准者，得先行辦理，．．．，仍應補辦預算。公務機關因其業務附帶有．．．營業行為之作業者，．．．，准用前項之規定。」（預八十六）。其中預算法第八十六條乃針對國營事業或其他有市場性質的公務預算因應市場變化所作之規定，非云附屬單位預算之執行及監督與公務預算有本質上的差異，故特於預算法第九十條規定「附屬單位預算．．．本章未規定者，準用本法其他各章之有關規定。」這些彈性規定，使得政府五十年來的預算均能順利執行，直至核四預算停止執行案的出現。以往雖亦有若干國營事業計畫之預算終止執行，然或因政策目標不復存在，或已有合法替代及處理方案，均依決算程序處理及追究責任、議處失職人員，且均非屬國家重要事項，故未引發立法院移請行政院變更或行政院移請立法院覆議等爭議，非謂任何附屬單位預算均可由行政院片面決定停止預算之執行。
四、變更核四計畫須符憲政程序
核能四廠計畫政策目標在於分散能源、補救北部電力之短缺，早經政府列為國家重大經建計劃。預算案於六十九年提出，預算總額一、六九七億元，歷年已編列法定預算一、二四0億元（八十三年），當時行政院並未提覆議案，立法院復於八十五年提出廢核決議，惟經行政院提請覆議，立法院覆議表決「原決議不予維持」（八十五年），故迄今已順利執行四八一億元。如此規模的國家重要事項，行政院片面宣稱有此憲法權限作出決定，以行政院會議議決的方式，予以變更，停止興建核四，停止執行預算。是項決定，行政院應已察覺其重大爭議性，否則何由對此決定要主動請大法官解釋合憲與否；是項決定，如果能夠在主計法規中找到依據，使之順利達成，則此項法規必有違憲之虞，因其與法律位階的法治基本原則不符。預算法固無「法定預算得予停止執行」之規定，供作支持本案停建之依據，乃因預算法既已明定預算程序，對預算（連帶其計畫）的變更，不在預算法規定之彈性以內者，只須再經預算程序即可。因此本案無須在主計法規中尋找依據，亦即，無此依據，也不宜有此依據，故現任主計長林全在立法院表示「用預算法解決核四問題，正當性不足」、「以預算法為核四案解套，是模糊焦點，本末倒置。」審計長蘇振平亦在立法院表示「核四預算依法是要繼續執行，行政院若要停辦或緩辦，必須依程序處理」。學者曾巨威更明確為文：「預算法對於預算執行的規範，乃完全基於行政單位先有執行預算的『善意』為前提，行政院若想要從預算法中勉強找出可為其刻意不執行預算來解套的條文，不但困難亦不合理。」再者，如果行政院確有權選擇自行決定執行執行或不執行核四預算，則立法院張委員俊宏等於八十五年提出停止執行核四預算並經立院通過的決議即無意義，行政院的覆議也失確意義。
再經預算程序的意思，就本案而言，乃是在取得立法院對此國家重要事項的同意決議後，方可處理原預算，同時追加（或特別預算）賠償、損失、處分公有財物、善後處理及替代方案之預算，既屬預算案，自須均經立法院之決議，非如此無法達成政策目標，行政院無從規避此項預算程序，企圖一時之方便，置國家根本大法的永續性於不顧，行政院作此決定的理由僅是「情勢及政策變更」，與「國家緊急危難，財經重大變故」相較，後者須由總統提出緊急命令因應，此緊急命令尚須依憲法規定於十日內送立法院追認，不同意即失效（憲法增修條文第二條），再顯行政院此項決議之失當。是以本案乃屬行政院未依憲法所訂對立法院負責之違失。如果行政院此項決定乃屬合憲，吾人恐行政院可對任何立法院決議之「法律案、預算案、戒嚴案、大赦案、宣戰案、媾和案、條約案及國家其他重要事項」，予以停止執行，明顯牴觸憲法第六十三條賦予立法院之權，亦違背憲法增修條文第三條所規定行政院對立法院應負之責任，因而背離依法行政之原則，並使立法院之預算審查及制衡機制失卻意義，造成法定預算的高度不確定性，嚴重損害立法權與行政權間之權限分際。