本期（第五屆第一期）立委審議九十一年度附屬單位預算時，發現行政院開發基金去（九十）年度投資台灣高鐵三十億元，且台糖於八十九年度亦投資高鐵50億元，為高鐵最大股東。朝野立委強烈質疑政府投資高鐵違反BOT及雙方的原始協議精神，因此財政委員會決議，政府及國公營事業及其轉投資事業，不得再投資高鐵。
根據促進產業升級條例第八條第一項第一款指出，BOT（Build-Operate-Transfer 興建-營運-移轉）為由民間自行籌措資金投資於建設方案中，於興建完成並營運一段時間以回收資本，期滿後將所有權移轉與政府，並由政府繼續營運者。民國八十六年一月，中華開發與台灣高鐵聯盟競標南北高速鐵路，九月台灣高鐵聯盟獲得高鐵優先議約權。
高速鐵路工程浩大，所需經費不貲。台灣高鐵得標之總建設經費共為4423億元，其中1057億元為高鐵計畫形成之初政府已出資，其餘為民間籌資。台灣高鐵公司於得標後宣稱，政府出資的部份主要是與高鐵的共享利益，待高鐵通車後三十年內，高鐵公司將每年以10％稅前營運收益分攤歸還政府已出資的1057億元。除此之外，高鐵在財務上可完全不需政府幫忙，企業本身即可負擔，此即謂「政府零出資」。
高鐵公司的保證言猶在耳，但其在八十六年九月得標後，旋因籌資困難，在十一月向經建會提出2800億元的融資要求。台灣高鐵的原始股東為大陸工程、太平洋電線電纜、東元電機、長榮海運以及富邦產物，其在台灣社會有令人尊敬的企業地位，且高速鐵路BOT為台灣的百年大工程，因此政府考量政治及經濟環境後，於八十八年底接受其融資要求，並協調四大基金間接貸款二十五家銀行。當時台灣高鐵公司、銀行團以及政府三方約定，高鐵自有資金必須維持20％以上。
台灣高鐵的多數股東成為陳水扁總統的國策顧問，此項BOT案的政商關係愈趨密切。八十九年五月，台糖入股台灣高鐵50億元，成為高鐵公司最大股東。隔（九十）年六月，高鐵公司亦爭取到行政院開發基金投資30億元。目前為止，台灣高鐵公司的資金來源，在股東出資部分共籌得499.9億元（原始股東419.9億元、台糖50億元以及行政院開發基金30億元）；而在融資部分有3083億元（政府中長期資金支應2800億元，銀行自有資金支應283）億元；另外有28億元的興建期利息收入。總計高鐵現有資金為3610.9億元，政府保證連貸以及投資部分2880億元所佔的比例高達80％，而原始股東出資之419.9億元僅佔12％，遠不足其於八十八年底所約定的20％。
政府最近一直解釋，出資與投資的不同，並強調政府零出資並不表示政府可以零參與，這些文字的遊戲，讓民眾頭昏眼花。其意指先前1057億元的出資主要是用來支付周邊土地取得的經費，並非用來支應高鐵的主體。而後向政府融資的2800億元，也不是政府出資，只是政府保證，因為大型的BOT仍免不了政府的參與。最後，台糖與行政院開發基金是投資，政府為股東可以領取股利，因此也不算出資。
姑且不看其文字的曲折，深究BOT的本質，主要是以民間的力量來興建重大公共建設。而由上可知目前高鐵公司的資金總額中，政府參與的部份高達80％，而民間原始股東參與僅有12％，與當初競標時「財務上可完全不需政府幫忙，企業本身即可負擔」的訴求背離。如果政府參與比重這麼高，之前就直接由政府主辦此項高速公路建設即可，也不需委託民間辦理。而在一般的股份有限公司中，通常出資的人即屬股東，很少會區分出資者與投資者，勉強解釋文字的差異性，只會讓人覺得牽強而顯強詞奪理。
再者，目前歐鐵因高鐵契約變更之故，訴諸國際法庭，若仲裁結果高鐵敗訴，將賠償歐鐵280億元。屆時以政府股權佔股東16％（80億元除以499.9億元）的比例算來，政府必須賠償45億元，在我國財政困難之際可謂雪上加霜。
由上可見，目前台灣高鐵公司與政府進行的相關契約已經違反了原始BOT協議案的基本精神，更對政府財政有所威脅。也因此，立法院財委會做出主決議，政府保證融資之外，不得再投資台灣高鐵。並且要求此項BOT案，政府與台灣高鐵應就其雙方條件、義務與合約關係重新擬定，原始股東應對此項BOT的成敗負起最大責任。
（本評論代表作者個人之意見）
