解釋文開宗明義指出「預算案經過立法院通過及公布手續後稱為法定預算，其形式上與法律相當」，但因為其內容、規範對象及審議方式與一般法律不同，司法院釋字第三九一號解釋中稱其為「措施性法律」，既稱為法律，即有其法定效力。在核四解釋文中指出，主管機關依職權停止法定預算中部分支出項目的執行，是否當然構成違憲或違法，應分三種情況而定：（1）若屬機關法定預算，即屬違法違憲；（2）若非屬國家重要政策之變更且符合預算法所定要件，主管機關有依其合義務之裁量，自得裁減經費或變動執行；（3）國家重要政策變更涉及法定預算之停止執行時，即應尊重立法院對國家重要事項之參與決策權，須依憲法及立法院職權行使法之規定，由行政院長或有關部會適時向立法院提出報告並備質詢。
由是知法定預算中的公務預算須確實而徹底執行，因其為維持法定機關正常運作及其執行法定職務之經費，倘若停止執行此等預算，將會影響機關之存續，例如立法院與監察院均為依憲法成立之公務機關，若其預算停止執行，將導致我國立法與監察系統大亂，因此停止執行其公務預算即屬違憲，同理，如公平會為依法律成立之機關，倘停止其預算執行，則為違法。大法官是項解釋，對行政權中的預算執行權的範圍作了明確的解釋，對健全預算制度而言，自屬空前的重要。顯示預算法規中雖無「法定預算應切實執行」之字樣，但法定機關的預算，一經成立，即不得以行政命令終止執行，對於穩定機關職權及運作，有決定性的影響。惟須注意的是，如立法院在審議預算案時，如對某機關之預算刪減至其不能執行業務的狀態，是否合法合憲，則尚未明確。
預算案中的事業預算部分，解釋文將之分成兩部分，第一部份，若預算並非屬國家重要政策之變更，如遇市場狀況變遷者，主管機關得有行政裁量權決定其是否停止執行該預算，例如82年度台電公司「林口-深澳電廠供煤系統工程」計畫、83年度中油公司「北部郵輪碼頭輸儲設備興建」計畫、88年度合作金庫「新總庫大樓新建工程」計畫等停止執行預算即屬此種情況，其屬合憲合法，為我國預算之彈性部分。第二部份，事業預算中，因施政方針或重要國家政策變更而致使法定預算停止執行時，應本行政院對立法院負責之憲法意旨，尊重立法院對國家重要事項之參與決策權，依照憲法增修條文第三條及憲法第六十三條規定，由行政院長或相關部會首長適時向立法院提出報告並備質詢，行政院並無單方面之絕對裁量權。
核四計畫為我國的重大政策，雖然大法官將核四預算案爭議偏向定位為政治問題而非法律問題，但本案乃屬行政院未依憲法所訂對立法院負責之違失，根據憲法第六十三條「立法院有『議決』法律案、預算案、戒嚴案、大赦案、宣戰案、媾和案、條約案及國家其他重要事項之權」，本案的程序上之瑕疵，即明顯牴觸此條法規及憲法增修條文第三條所規定行政院對立法院應負責任之規定（詳見本人智庫專論「我國預算制度的剛性與彈性－停建核能四廠解釋憲法意見書」乙文）。對於此種嚴重損害立法權與行政權之界限之爭議，亟需檢討慎戒，方符人民之福。
（本評論代表作者個人之意見;90.01.18中央日報）