第三次江陳會談將於4月26日在南京登場，「兩岸金融合作協議」登堂入室，已成為此次會談的重要議題之一。根據海基與海協兩會的官員指出，三次江陳會談簽訂「兩岸金融合作協議」後，緊接著將討論銀行、證券及保險金融監理備忘錄的簽訂，而貨幣清算及兩岸金融市場開放（准入）等相關議題亦將列為重點項目。兩岸的金融合作顯然已是當前兩岸政府會談的重心，然中間過程似仍有諸多問題亟需談判磋商，如何在不損及雙方權益的情況下，獲致最令雙方滿意的結果，均考驗著兩岸政府的智慧。
當前兩岸金融合作最主要的困難在於兩岸金融監理合作備忘錄遲遲未能簽訂，在缺乏法律依據及運作框架的情況下，連帶使得兩岸金融監理機制無法建立，亦無法進一步地深化金融合作。因此，兩岸金融合作的當務之急即是加緊簽訂兩岸金融監理合作備忘錄，後續的貨幣清算機制及市場准入限制等問題才能陸續展開磋商。
儘管兩岸金融監理合作備忘錄之簽訂已箭在弦上，然有些細微之規定仍須釐清並加以修訂。例如檢查權的歸屬問題，一旦彼此開放雙方金融業者進入設立子行及分行，則當銀行發生問題時，檢查權到底該歸於何方？雙方是否允許彼此官方的金融監理人員在兩地進行實地的金融檢查業務？此些問題均有待釐清並詳加規範。
而在兩岸金融合作監理備忘錄簽訂後，緊接著面臨的將是實質層面的市場准入問題。兩岸當前的金融市場准入條件並不一致，根據大陸外資銀行管理條例之規定，外資銀行需先設辦事處滿兩年後才能升格分行，分行設立達三年且連續兩年獲利才得承作人民幣業務，此即所謂的「等待期」；而單一外資參股單一陸銀上限為20%，全體外資參股陸銀上限為25%。相較於上述三點規定，台灣方面幾無限制，只要為全球500大銀行均可直接設立分行，而設立分行後即可承作新台幣業務，且對外資持股本國銀行並無上限限制。在證券業規定方面，大陸規定外資參股上限為33%，若是投資基金，則單一外資持股比例不得超過20%，全體外資不得超過25%；台灣則無相關的上限限制。在保險業規定方面，進入大陸市場的保險公司需符合最低資產50億美元、成立需30年以上及代表處設立二年以上的「532」門檻，台灣則無此規定。
面對兩岸金融市場准入條件的差異，為避免予人不公平的印象，成為反對兩岸金融合作人士的口實。在市場准入條件之磋商方面，須特別強調實質對等開放原則。例如，在比例原則的架構下，考量雙方金融市場的規模以及金融業者的家數與資本額的絕對差異，將資產規模、家數與資本額等變數當作加權的權數，作一簡單的標準化，最終在不損及雙方彼此之權益下，進行所謂的「加權對等」開放，而非採行一對一的開放原則。
此外，針對「等待期」的限制，中華經濟研究院王儷容教授指出，台灣要豁免等待期規定有三種模式可循，分別是（1）在ECFA中將金融業排入「早期收穫」：亦即，取得大陸的「超外資待遇」，在 WTO的框架內，准許會員國在不違背公平貿易及非歧視原則的精神下，透過區域貿易協定取得更優待遇。換言之，台灣可藉由未來即將洽簽的ECFA，將金融業放入「早期收穫」安排，以規避等待期的規定；（2）援引大陸管理條例例外規定：大陸的外資銀行管理條例第72條規定台港澳金融機構進入大陸金融市場比照外資銀行，但國務院另有規定的，依照其規定；（3）爭取試點：在簽訂兩岸金融監理合作備忘錄後，爭取在天津濱海新區及福建海西經濟特區等地方，給予台資金融業者優惠待遇，提早承作人民幣業務。
目前兩岸金融市場分割，其中既有政策性障礙，也與兩岸長期以來缺乏金融合作經驗、金融法規及金融監管等方面的不協調等客觀因素有關。顯然，這種局面難以適應經貿往來不斷擴大的需要，同時也與經濟全球化的時代格格不入。為有效解決此番困局，加速兩岸金融合作的腳步刻不容緩，包括兩岸金融監理合作備忘錄的簽訂、貨幣清算機制的建立、全面開放以人民幣及新台幣為兩岸貿易計價單位並擴大直接通匯、搭建聯合徵信資訊分享平台、加強兩岸金融人員訓練及金融專業證照相互認證等。唯有在兩岸政府摒除歧見下，積極磋商兩岸金融合作事項，擴大兩岸金融往來，方能有效促進兩岸金融之發展。
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