新政府上台後三個月的時間，便要向立法院提出九十年度的預算案，俾供民意代表審議新政府的施政方針與財政規劃藍圖。但是由於施政的賡續性與時間的急迫性，對剛接手政權的新政府而言，第一次的總預算案就要能與舊政府時代有明顯的差異，似乎並不是一件很容易達成的任務。尤其是在野多數的國會結構下延續舊政府的政策，會被抨以毫無新作為的展現，但若貿然推出迥異往昔的新政府政策，又要被冒遭受杯葛與否決的風險，由此更可看出九十年度總預算案的編製與審議，對新政府的確是一項即將到來的嚴酷考驗。
行政院對此狀況亦相當瞭解與擔心，故日前特別破例在預算案尚未送立法院前，便動員全體閣員舉辦說明會，邀立法委員事先溝通。但在會場中，不論朝野立委皆一致砲聲隆隆，強烈質疑新政府預算的理想性不足與未展現特色。其實，最近幾年來我國各級政府的財務狀況皆相當困窘與惡化。而原本財務較佳的中央政府，卻不斷減免稅負（例如兩稅合一與金融營業營業稅率的調降等）及承擔精省後龐大的債務壓力下，造成中央的財政狀況亦有漸被拖垮的危機。前者反映出來的事實便是政府經常收入的成長率無法提高，進而更導致全體國民租稅負擔率快速降至百分之十四左右，不但較美國與日本為低，甚至不如韓國與新加坡。後者表現出的則是還本付息支出的流量負擔遽增，但相對地由省府概括承受來的龐大資產存量，卻毫無抒解其財務困難的實際助益。兩相夾擊之下，新政府光是思考解決財政問題的方法，皆還由不及或尚未能有良策，更遑論期待新政府能在此次預算案中有大格局的新作為。
根據主計處提供的資料，九十年度總預算案歲出規模計列一兆六千億元，較八十八年下半及八十九年度折合為一年之預算數，增加約九百二十三億元，成長率為百分之六，雖超過以往六年平均成長率百分之三，惟由於償債及依法律義務所必需支付的各項重大支出，例如公保、農保虧損彌補、保費補助、增撥農業發展基金所需經費及調整軍公教待遇準備等，便增加約九百億元，致其他政事支出難有成長的空間。從政策上言，新政府的三三三社會福利，只編了二十八億元青年購屋貸款補助的經費，其餘大多仍皆依循舊政府的需求編列，未見任何新意。在此限制下，新政府唯一能做的便是加強支出結構的調整與改善，而落實「零基」的精神，乃是主計最主要的實行一具與原則。基此，本次預算呈現兩大特色，一為將原列為部會補助項下的小型工程地方建設補助款，改為主計處統籌分配的一般補助款，另一則為各機關在比較預算經費增減時，乃先將原八十九年度預算中屬於無繼續性支出、通案刪減經常性支出及改列為對各縣市補助款等經費扣除後淨額，作為比較計算的基礎，以瞭解各機關可供分配運用於興新計畫財源的情形。這種作法與比較方式，以前未曾採用過。
將地方建設補助款下放至地方是一項開創性的制度變革，表面上看只是將同一款項，從各部會轉列於直接補助縣市名下，但由此而根除的政商掛勾與黑金關係，以及培養與尊重地方自治的重大意涵，無疑是新預算最值得讚許與喝采的地方。根據資料，經此調整後中央對各縣市一般補助款共匡列八百八十億元，較上年度增加二點五倍，對於縣市政府基本財政收支短差的彌補與保障，當能發揮立即有效的改善效果。但是，一增一減之間，並不表示中央對各縣市的總補助金額必然提高，實際狀況如何，主計處應讓立法委員與各地方政府有更清楚的瞭解。
至於，用「淨額」的概念做為支出增減的計算標準，則即使在總數不變的情況下，各部會的預算仍會有出現成長的可能。例如國防部的歲出共編列二千七百億元，總數與上年度無異，但經淨額調整後，國防部的經費支出乃變成增加百分之九點七。這樣的結果，不但各部會無法完全瞭解或接受，因此還引起主計處與部會間的爭議，更重要的是如何讓立法委員與社會大眾真正清楚其意義與內容。由於歲出增加的大餅已盡被依法律義務增加的支出吃光，致其他政事支出的成長受限，用淨額的方式比較，固然能讓行政部會在搶食預算資源時稍 覺釋懷或滿意，但相對地，卻也容易讓立法委員在審議預算時，輕率的就以部會成長率的數字作為殺價或喊價的籌碼，反而扭曲或傷害了新政府預算配置的整體效率。補救的方法，是在預算書的說明中分以「總額」與「淨額」兩種方式，做充分、完整的解釋， 庶幾能避免這種情事發生。
總之，九十年度總預算案的出爐，更加突顯出中央政府財政惡化的嚴重程度。在此情況下，新政府根本無法有政策性差異的施展空間，透過些許結構性的調整，大概已經是新政府最大的能耐與特色。
