全民健康保險自民國84年3月實施以來，人民的醫療品質已獲得顯著的改善，並已成為人民生活中最密切相關，也是備受關注的政府重要施政措施之一。整體而言，全民健保的實施大致上已達成「提供全民基本醫療保障」的政策目標，民眾對全民健康保險的滿意度，歷年來平均維持在七成左右，顯示全民健保制度的政策已普遍獲得人民的肯定。
近年來，隨著環境的變遷與民意需求的不斷提高，全民健保的執行方向也由「擴大受益人口，平衡保險財務，增加就醫方便性」，推廣到「提高醫療品質，節制醫療費用成長，以及照顧弱勢族群」的整體考量。全民健保財務制度的規劃設計是採自給自足的精神，以特定期間所計算的平衡費率，向全民、雇主及各級政府收取保險費與補助款，作為支付醫療費用及相關行政經費之需，從而達到收支平衡的目標，因此，健全的財務規劃是全民健保制度能否永續經營的關鍵。
由於國內經濟的快速發展，國民生活水準的不斷提昇，文明疾病的陸續發現，人口結構的自然老化，醫療科技的高度進步，醫療設備的廣泛增添使用，民眾醫療知識的日益普及，以及預防保健醫療需求的不斷增加，造成全民健保醫療費用支出日見膨脹，且醫療支出比保險費收入的成長幅度還要大，逐漸形成入不敷出，寅吃卯糧的狀況。自全民健保開辦以來，保險費收入平均每年成長4.26﹪，而醫療費用支出平均每年成長6.26﹪，全民健保開辦初始，還能勉強維持收支平衡，但實施三年以後即發生財務不足的狀況，亦即自民國87年3月起，每月申報醫療費用支出即呈現較保險費收入為高的情況，且收支赤字持續擴大，造成中央健保局的沉重財務壓力。
另方面，自全民健康保險開辦以來，保險費率從來未曾調整提高，現行保險費率是民國84年開辦初期，以五年週期為基準所精算的基本費率，雖然在中央健保局努力開源節流下，已勉強支撐到第八年，但是財源短缺，以及醫療費用的不斷上漲，卻不是行政手段所能控制。依據中央健保局精算結果，保險費率應由4.25﹪調整至4.91﹪，才足以因應醫療費用的支出，惟政府歷年來，因政治或其他因素考量，如照顧弱勢族群、勞工團體的抗爭或礙於選票壓力，一直不同意調整保險費率。
從全民健保的財務規劃中，健保費用需由中央與地方共同付擔，但各地方政府以預算財源不足，或無負擔義務為由，積欠應繳納的健保費補助款，截至民國91年初，地方政府應繳之健保費用之累計欠費已達246.49億元，其中台北市政府欠費金額69.66億元，高雄市政府欠費金額83.78億元，台灣省各縣市政府欠費金額合計93.04億元，且台北市政府和高雄市政府的欠費還逐年增加，已嚴重影響到中央健保局之資金調度和民眾就醫的權益，同時也損害全民健保財務負擔的公平性。
另外，醫療費用快速成長的原因，其中有很大因素在於醫療資源的濫用與浪費，這應與「民情」有關，一般民眾，特別是年齡較高而知識水準較低的人民，可能會感覺自己有病在身，以及一股想要「賺回來」的觀念作祟，以致於每人每年就醫次數顯著偏高，根據民國85年資料顯示，台灣每人每年平均就醫次數為13.8次，約為OECD國家（歐洲經濟合作暨開發組織）每人一年就診5-6次的兩倍，到民國87年台灣每人每年平均就醫次數已跳升至15次，致使醫療費用不斷成長，也是造成健保財務虧損的主要原因。
還有少數不肖藥商業務員、藥局、醫師與保險對象集體勾結，以健保卡「利益共用分享」方式，請醫師逕行開立彼等行銷之藥品，非法製造業績或虛報處方用藥；而醫師並未提供醫療、診察服務，卻假造看診紀錄，向中央健保局冒領醫療、診察費用，意圖牟取不正當利益，造成藥商、藥局、醫師及保險對象共謀詐欺，以「洗藥」方式，共同「吃健保」的不法情事。因為共謀者之間有共同利益，而且遍及全國各地，除非有人檢舉，否則中央健保局很難察覺，並加以遏止。
此外，經濟弱勢者如低收入者、失業者、殘障者，老年人口、山地離島地區居民，對於繳納健保費有實際困難的民眾，可能因欠費而中斷投保，以致於無法獲得醫療照護。同時對於行動不便者，可能無法提供足夠的醫療保健服務，以及就近看診的便利性。對於這些老年人、殘障者的居家照護、傳染疾病的預防保健和公共衛生服務均有待加強。
目前在台灣地區約有36.5萬人為醫療保健不足之人口，大部分是原住民，散居在四十八個山地鄉及離島偏遠地區，其人數雖然僅占全國人口的1.6﹪，但分佈區域卻廣占全國土地面積的44﹪。由於先天條件的限制，地理環境的惡劣，交通不便、進出困難、經濟沒落、生活機能不足；相較於繁榮、富庶的平地城市地區，有顯著的落差，實在難以吸引醫師願意前往執業，故長久以來一直存在著醫療資源不足的窘境，使當地居民繳納同樣的健保費，卻不能獲得相同的醫療照護，實在有違公平正義原則。
以目前全民健保實施的情形來看，其最主要的問題是財務的問題，要改善全民健保的財務狀況，不外乎開源與節流，開源指的是增加保險費收入，包括調整費率、擴大費基、提高保險費收繳率、爭取補充性財源等。節流則為減少醫療費用的支出，包括加強查核醫藥費用支出、杜絕醫療不當浪費、提高部分負擔、檢討給付範圍等；若能嚴格控管，加強查核勾稽，減少醫療資源浪費與流失，才能使全民健保達到永續經營的目的。
