一、基隆河整治特別預算案
九十一年六月十四日，行政院在立法院休會的前一個星期，將金額高達316億元的基隆河整治特別預算案送達立法院，要求插隊審議，並逕付二讀。惟台北市所要求之19億元基隆河整治經費並未列於此項特別預算中，故引起反彈，預算審議的程序亦造成朝野爭論，以致於基隆河整治特別預算未能在本會期內完成審議。因汛期將至，超過四分之一的立委連署要求加開臨時會，立法院遂決定於七月十五日至十七日加開臨時會，審議此項攸關人民生命財產之預算案，衍生若干問題。（一） 特別預算提送立法院的時間，顯示行政院不尊重立法院
「基隆河整治特別預算案」於六月十四日送達立法院，而立法院於六月二十一日會期結束。根據預算法第八十四條明訂，特別預算的審議程序準用有關總預算相同之規定。因此，特別預算的審議需要經過行政院長的報告說明，與委員會的審查與討論，費時不短，僅有七天的時間根本不夠。況且，立法院會期結束前，待審的法案堆積如山，行政院選在會期結束前幾天才匆忙提出此案，此舉對立法院不夠尊重。
此外，行政院以汛期將至，沿岸人民生家安全的理由，要求立法院逕付二讀，儘速通過，此舉也令人費解。去年九月納莉風災，造成基隆河沿岸人民重大的生命及財產損失，立法院旋於十月通過「基隆河流域整治特別條例」，距今已有8個月之久。此次特別預算是根據該條文所訂，但如政府真欲儘速解決基隆河水患問題，最遲應於今年二月立法院開議前即提送此項特別預算，而不是在會期結束前急迫地趕鴨子上架，若不通過，就歸責於在野黨。（二） 未納入台北市整治經費，違背基隆河流域整治特別條例及預算法精神
行政院一直向外界表示，未列入台北市整治經費是有依據的，此乃根據「中央對直轄市及縣市政府補助辦法」之規定，中央對台北市的補助範圍，僅限於鐵路地下化及捷運計畫而已，並未包括河川整治。這個說法基本上無誤，但是模糊了事件的焦點。
第一，該補助辦法乃是中央政府在執行年度總預算時，對各部會計畫型補助的執行規範。但因為基隆河流域的整治工程出現地區間的施政不一致性，因此去年十月才以特別立法的方式，訂定「基隆河流域整治特別條例」，期以跨區的統合來解決整個流域的水患問題，其第四條便明訂，整治的範圍包括「基隆河集水區內之台北市、台北縣及基隆市行政區域內之河段及地區」。但行政院一方面解釋此特別預算是依據基隆和流域整治特別條例而來，一方面卻未依該條例規定的施行範圍編列預算，將台北市排除在外，著實令人匪夷所思。
第二，此項特別預算是屬於預算案，並非一般的補助案，其主要受預算法的規範，而非中央對直轄市補助辦法。根據預算法第八十三條的規定，行政院得於年度總預算外，提出特別預算，以應付重大且特定事項，其規劃是建立在以「整體性」的考量為基礎上。基隆河流域的整體已經明訂，包括台北市、台北縣及基隆市行政區域內之河段及地區。如今整個預算的編列獨漏台北市一段，即使行政院認為台北市財力較為充裕，故應獨自挹注該轄內河段整治的需求，但中央政府也應該事先與台北市充分溝通，取得其諒解與同意，且能配合編列機關預算後，才公布整個特別預算，否則若北市無力編出預算，豈非有違特別預算之整體性？如今一味強調，根據中央對直轄市及縣市政府補助辦法的規定（而非預算法），中央對此項「特別預算」有不撥補台北市預算的權利，只會更反映出行政院對於預算制度精神的誤導。二、核能發電後端營運基金
今年一月份，經立法委員查出，行政院核准經濟部以核能發電後端營運基金之90億元，貸墊予中船，作為其員工「年資結算金」，並在三月十四日才修正核能基金運用辦法。此事一經揭發，引起社會輿論嚴重抨擊，而後又陸續發現去（九十）年八月，核能後端基金已先行代墊16億元予中興紙業與台機公司，作為其員工之年資結算金。總計九十一年度挪用核能發電後端營運基金106億元。
核能後端基金的收入來源，為核能發電廠從每發一度電的收入中，提撥某比例金額至該基金。而其主要的用途，則是將來核能除役之後，用來處理核廢料所需資金。核廢料處理的問題攸關人民之生命與健康，因此此基金的主要支出雖然是在未來，但以往政府基於重視人民生命的基本理念，從未挪用此基金。
如今政府在先行挪用之後，再修改核能基金保管及運用辦法，在原第四條「本基金尚未動用餘額，得貸予具有核能發電之電力公司支應核燃料營運或電源開發之用」條文後，加上「或貸予經行政院核定再生、結束或民營化方案之本部所屬事業支應執行方案期間資金調度之用，以增加本基金之孳息收入」。此舉顯示政府認為動用核能後端基金是不合法的，所以才要修改辦法。明知其不可而為之，是負責任政府不應有的作為。
