歷時近五個月的《國家通訊傳播委員會（National Communication Commission，NCC）組織法》釋憲案結果終於出爐，大法官於2006年7月21日做出釋字六一三號解釋，認定NCC組織法第四條剝奪行政院的人事決定權，違反責任政治、權力分立原則和憲法保障通訊自由的意旨，宣告該條違憲，應於兩年半後失效。至於第十六條則因立法當時有特殊考量，並未宣告該條違憲，而NCC本身以獨立機關的狀態存在，亦為合憲。
大法官做出解釋後，引起傳播產官學界的熱烈討論。在NCC方面，儘管行政院呼籲委員要「知所進退」，但通訊傳播的業者則希望委員們能夠「相忍為國」。為了不讓通訊傳播監理的工作陷入停滯，委員們表達了「關鍵時刻、忍辱負重」的想法，留任至2008年1月31日。
這樣的釋憲結果在行政院眼中看來，卻是「差強人意」。在大法官認定NCC部份條文違憲後，行政院隨即提出四大因應措施，而政務委員許志雄認為NCC之後只能進行「個案裁決」，而不得訂定重要政策。除此之外，行政院表示基於「行政一體」的責任政治態度，「NCC應受行政院指示」，包括政策、預算、人事、法案等。
大法官的解釋確認了憲法賦予行政院對獨立機關的人事任命權，違背獨立機關的設立目的，更讓新聞局有可與NCC互別苗頭的機會。當獨立機關設立的精神因「行政一體」[1]的論調而有所取捨後，能有多少「獨立」的空間，也就讓人大大的懷疑了。
持平而論，在NCC掛牌運作至釋憲結果公佈的135天中，委員們潔身自重，從未傳聞有被政黨挾持操弄或接受業者利益輸送的不良情事，但行政院與執政黨卻早已認為NCC就是「違憲機關」或「準違憲機關」。然而，根據司法院對《釋字六一三號》解釋，解釋文中明確指出「NCC作為一個獨立機關並不違憲」，而在2008年12月31日之前，NCC之作為、人員及業務均不受影響。由此，行政院對於經過正常立法程序成立的NCC，態度實相當可議。
並且，既然NCC是合憲的獨立機關，就應該比照「金管會」、「中選會」等獨立機關之預算編列方式，也就是應由NCC本身之會計單位自行編列預算書，送交立法院審查，而非附屬行政院新聞局之預算內。行政院表示將要停編NCC的預算，甚至認為NCC不得自行向立院提施政報告，要求NCC提出相關政策前應先報政院核定等等說法，更顯示出主事者不樂見該組織脫離掌控，獨立運作的態度。
大法官《六一三號解釋》不僅震撼了台灣的通訊傳播產業，更暴露出政府對獨立機關設立本質的認知錯誤。事實上，從「金管會」、「中選會」、到尚需釋憲的NCC案皆可看出，獨立機關的人事權尚缺一致的提名機制，而在組織、預算、甚至業務劃分等方面，亦沒有一定的規章及設置辦法。正是因為如此，NCC與新聞局的業務界線仍然模糊，也讓NCC應有的超然地位與功能受到影響。
最後，吾人認為，既然NCC委員們已表明要齊心相忍為國，為產業秩序、市場發展及消費者權益持續努力，也希望行政院別再「見縫插針」，否則只是顯露出行政機關抗拒傳媒體制的變革，罔顧社會各界期待的心態。吾人建議，行政院應該讓NCC充分體現其獨立性，更重要的是，朝野政黨應盡速在落日條款期限之前，停止政黨互鬥的本質，努力推動《NCC組織法》修正案，還給獨立機關一個自由揮灑的空間。
《國家通訊傳播委員會組織法》釋憲案大事紀
2006年3月1日 「國家通訊傳播委員會」正式掛牌成立。
2006年3月8日 司法院大法官會議大法官召開「國家通訊傳播委員會 (NCC)組織法釋憲案」審查說明會，邀請聲請人行政院、關係機關立法院和專家學者列席討論。
2006年7月21日大法官《釋字六一三號》解釋案認定NCC之委員產生方式違憲。
[1] 根據中華民國憲法第五十三條明文規定：「行政院為國家最高行政機關。」行政院必須對所有施政表現負責，因此即便是獨立機關，行政院必須握有一定程度的人事任命權。
