國內現行大學入學制度包括個人申請、指考分發、繁星推薦，各管道核定招生名額及占比以個人申請逾五成最多，次為指考分發（約兩成四）和繁星推薦（約一成五），可見個人申請入學已成為進入大學入學最主要的管道。而學習歷程檔案是個人申請入學的參採重點，但是去年有逾人8千人連署要廢高中學習歷程檔案，引來教育界對此密集投書、關注。
近期更有國內某媒體針對全台500多位大學教授進行學習歷程檔案的調查，結果發現在14項學習歷程檔案項目中，逾五成的大學授最看重「在校成績、基礎學科能力」，且有近四成的教授認同學測和在校成績才是決定錄取與否的關鍵。此結果並不令人意外，早有大學教授認為大學學測鑑別力不足，以及個人學習歷程信效度不足，需要再加考筆試。換言之，學習歷程檔案目的之一作為展現個人特色和適性學習軌跡、補充考試無法呈現的學習成果的目的，並不被部分大學教授認同。
另有逾兩成的教授不支持及非常不支持學習歷程檔案取代備審資料。探究其主因，也是其對於學習歷程的擔憂，包括：1.拉大城鄉與貧富差距；2.增加學生學習負擔；3.高中教師認證標準不一，其實這些擔憂也是各界普遍對於推動學習歷程檔案的疑慮。
教授們對於學習歷程的三大擔憂並非空穴來風，111學年起，學習歷程檔案將取代大學個人申請的備審資料，城鄉高中生們的學習歷程內容差異懸殊，作為備審資料公平性令人質疑；資源豐富的學生，較能接觸多樣的課程、營隊，所呈現出來的學習歷程也較為多元，誠如：台中一中許全義老師說「漂亮的學習歷程檔案，需要相當的資源」。
學習歷程檔案作為升學參考條件本應只是附帶用途，惟仍與升學掛勾列為申請入學要件，而高中生的終極目標仍是獲得一張好學歷，擠進理想大學，除了學校課業之外，還必須參加各項課外活動、營隊、培養才藝，讓學習歷程作好作滿，如此，很難不會成為學生的學習負擔。
雖然學習歷程檔案強調，對於大專校院來說，審閱學習歷程檔案能夠真實瞭解學生的學習過程，茲因有關課程學習成果（包括：修課紀錄及學分數之課程作業、作品及其他學習成果）在學期結束即上傳，經由教師認證，所以學習歷程檔案能真實反映課程學習成果，強化資料公信力。然而高中教師是否能夠精確的認證檔案，以及教師們在處理學習歷程的態度及評分標準或有差異，不無疑慮。由於我國學習歷程檔案其實是參考南韓施行十多年的「學生綜合紀錄簿」，南韓高中生都要寫學習歷程並經老師認證，如造假，老師要負刑責；不過我國目前無相關罰則，且若比照南韓的作法，勢必又加大學習歷程檔案的反對聲浪。
此外，教育部雖然宣布學生上傳本學期課程學習成果和多元表現的作業期程，將延長到9月底，然而有教師認為習歷程的資料上傳仍面臨課程學習成果中斷、多元學習表現缺乏、線上教學成效有限等問題。
質言之，推動學生學習歷程檔案的設置立意良善，然而要必須降低各界普遍對推動學習歷程檔案的擔憂和疑慮。
首先，要縮短城鄉選課資源和多元化的差異並不容易，教育當局可以考慮在學習歷程檔案的項目中納入呈現出城鄉特色者。其次，既然學習歷程檔案的精神是重質不重量，建議可評估下修習歷程檔案的上傳件數。至於各高中職審核認證學習歷程檔案的標準不一，或許教育當局可以先制定學習成果呈現的範本，並且明確訂定出相關的格式、架構與限制，或者列出一些上傳學習成果前的自我檢核清單，協助學生在上傳之前，確認是否有需要修正之處；大學端則可提供學習歷程範本，並確實執行「大學招生專業化發展計畫」擬定審查規則。最後，若是遠距教學成為常態，如何強化線上課程的信效度，成為教育當局、學校、教師等，必須面對的課題。