立法委員選舉結果，民進黨獲得八十七席，成為新國會第一大黨；與民進黨立場接近的台聯，也獲得十三席。兩者席次加總雖有一百席，惟離過半仍不足十三席，並未跨越李前總統所喊出的八十五加三十五席過半目標。
相對於民進黨的大勝，中國國民黨則遭到重挫，只獲得六十八席；至於新興的親民黨，席次也大幅增加為四十六席。國、親兩黨雖皆非最大黨，然而二者立委席次加總為一一四席，超過半數一席。
第五屆立法院，已確定出現無政黨席次過半的現象。任一政黨皆無法自行組成多數政府，必須結合其他政黨，方能形成多數聯盟，以確保對於立法院議事的主導。民進黨雖成為新國會第一大黨，但是礙於未能掌握過半席次，陳總統乃計畫透過「跨黨派國家安定聯盟」形成多數聯盟。惟由於在野黨認為該聯盟不符憲政體制，所以中國國民黨已決定不參加；親民黨似乎也不準備參加。
在無法獲得國、親任一政黨支持的情況下，國安聯盟若非少數聯盟，就是結合特定在野立委形成的脆弱多數。無論是何者，未來立法院之運作必然呈現合縱連橫的局面；民進黨或陳總統，恐怕都不見得有能力主導立法院之議事運作過程。
面對無政黨席次過半的現象，其對第五屆立法院之運作有何影響，值得觀察。惟在分析其影響之前，我們擬先探討目前影響立法院議事運作之結構性因素。
壹、影響立法院議事運作之因素
民進黨執政以來，立法院在兩個會期與臨時會中總計通過一五八項法案（含行政院所提八十九案），每會期平均通過七十九案（以兩會期計算）。相較於民進黨在野時，第二屆立院每會期平均只通過四十項法案，第三屆則為四十八項法案，本屆立法院表現還算差強人意。雖然如此，不容諱言立法院之運作確實受到某些因素之影響。這些問題不解決，即便是中國民黨一黨能掌握立法院過半席次時，尚且無法有效提昇立法院效能；遑論在沒有任何政黨席次過半的情況下，民進黨政府要提昇立法院運作效能，恐怕更是難上加難。綜合影響立法院議事運作之因素，可分析如下：
中國國民黨執政時期，法案送交立法院前，通常會先在黨內進行黨政協商。取得共識後，再到立法院與在野黨進行政黨協商﹔協商不成，才訴諸表決。民進黨在本屆立法院席次不到三分之一，並無主導議事條件；惟行政院在法案送交立法院前，不但未先在黨內進行黨政協商，以致該黨立委與黨團根本不了解行政院之政策，因而影響其對行政院法案的支持；法案送交立法院後，也未盡力與在野黨立委進行政黨協商，爭取支持。王金平院長曾指出：「行政院一年來疏於和朝野黨團溝通，導致重大法案無法即時完成審議」；朝野立委也抱怨行政部門「都不來溝通」；連民進黨立院黨團也曾批評行政院對法案不運作、不溝通，要通過哪些法案也不說，對口單位是誰也不知道。
此外，行政院對其所送法案之優先順序，亦無所悉。即便被認為是關係經濟發展的而立法院甚至被迫召開臨時會審議的重大法案－金融六法，在行政院五月十六日送請立法院審議的兩百多項法案中，「金融重建設置基金條例」根本未列入；在六月六日立法院最後一次協商優先法案時，也只有「保險法」被列入。
根據上述分析，行政院如希望其所提法案能獲得立法院在野黨支持，就必須加強與在野黨立委與黨團之溝通協調，並充分掌握法案之優先順序。惟即便如此，參酌過去過民黨執政時期之經驗，仍不具備確保立法院有效運作之充分條件。除此之外，尚需其他相關條件之配合。
二、 院會中心主義
立法院目前的運作，是採「院會中心主義」，所有議案之決定皆取決於院會。委員會成員採抽籤方式決定，並非依政黨比例分配，因而影響各委員會之專業性。由於委員會缺乏專業條件，立法院又無其他相關條件能有效箝制各委員會進行專業審查，導致委員會對於法案審查與預算審議欠缺專業性。
三、缺乏國會倫理
立法院現有國會倫理，明顯不足。資深制並未建立，許多新進委員不但對議事規範不熟稔，也常見新進委員對資深委員經驗缺乏尊重。許多新進委員不但不尊重資深委員，甚至出任委員會召集委員，已嚴重影響委員會之運作。
四、 現行選舉制度不利黨紀貫徹
立法委員現行選制所採「複數選區單記不可讓渡投票法」，存在以下問題：1.黨內競爭比黨際競爭更激烈，候選人需要派系支持，派系也利用選舉壯大或重組，因而削弱政黨對該黨立委之影響力。2.由於候選人無法獲得黨的奧援，導致黑道、派系與金權勢力的介入。不但影響選風，賄選、暴力不斷，亦導致政黨無法在立法院貫徹黨紀，以致影響議事效率與品質。3.立法委員側重選區的個人化經營，必須勤跑基層，加強選區選民服務，積極爭取地方建設經費，以致疏於立法與問政工作。此雖有助於連任，惟卻導致立委資深而不專業。4.少數候選人採取極端立場，爭取特定族群支持，以致激化社會對立。具此種背景之立委，缺乏妥協性，也不利於政黨協商。
根據上述分析，現行立法委員選舉制度顯然不利於政黨黨紀之貫徹，由於各政黨對其立法委員缺乏黨紀約制，導致個別委員可能拒絕接受政黨協商結果，使政黨協商的決議無法貫徹。這也是導致立院議事效率低落主要原因之一。
新修訂的「立法院組織法」第三十三條規定，只要有八名立委即可組黨團。另根據「立法院職權行使法」第六十八條，為協商議案或解決爭議事項，得由院長或各黨團向院長請求進行政黨協商。黨團協商會議由院長、副院長及各黨團負責人或黨鞭出席參加，朝野協商宛如「太上程序委員會」。議案交由黨團進行協商時，則由各黨團指派代表參加。此一設計，使少數財團代表、政黨代表有機會杯葛、包抄、壟斷特定議案，「以案卡案」，進而綁架整個立法院。而政黨協商機制設計不當所引發之負面影響，在本屆立院應是有目共睹。
六、立法院內規不當
根據「立法院議事規則」第二十三條規定，立法委員若對院會報告事項有異議，需三十人以上連署或附議，才能不經討論，訴諸表決。若在場立委人數不足表決人數，則退回程序委員會重新提案。由於立院開會人數不足係常態，此一規定也使有心立委得以輕鬆反對杯葛，使法案無法排入議程。
貳、第五屆立法院運作之評估
在立法院本來就存在上述各種問題，又沒有政黨能掌握過半席次，且無法透過政黨協商組成過半多數政府的情況下，第五屆立法院之議事運作，極可能是先天不足，後天又失調的局面。我們不妨從以下幾個角度作初步的分析：
一、國安聯盟欠缺穩定運作條件
民進黨既然無法掌握過半席次，惟有透過政黨協商籌組過半多數政府，方能確保政局的安定與施政的順暢。由於民進黨與中國國民黨、親民黨的基本理念與政策有很大差異；所謂「道不同不相為謀」，國、親兩黨不太可能與民進黨合組聯合政府。國、親兩黨既不參加聯合政府，就更不可能參加有責無權的國安聯盟。
在國、親兩黨不參加國安聯盟的情況下，陳總統註定只能找台聯與無黨籍立委加入國安聯盟。即便陳總統能從國民黨或親民黨立委中挖角，加入國安聯盟，但是可能引發兩個問題：一是會導致朝野政黨衝突加劇，影響政黨互信，此顯然不利於立法院之議事運作過程。其次是加盟的個別立委，雖會以國家利益高過政黨利益為由，為自己取得正當性，然而民進黨勢必需釋出相對利益，以鞏固個別立委的支持。影響所及，民進黨非常可能因此被少數關鍵立委挾持，使國安聯盟變成分贓聯盟。一旦民進黨無法滿足個別立委之要求，國安聯盟恐怕就很難運作了。
二、泛綠聯盟潛藏矛盾
根據民進黨之相關論點，似乎已經認定台聯十三位立委會完全配合民進黨之立場，全面支持民進黨之政策。然而，選舉期間民進黨與台聯之間的攻訐，絲毫不遜於民進黨與國、親兩黨之間的矛盾。選後民進黨一味認定台聯立委會無條件支持民進黨，也讓台聯立委相當不是滋味。台聯立場立場偏極左台獨，而陳總統高舉新中間路線，兩黨之間的合作，絕不可能完全順民進黨的意思。台聯雖然只有十三席，惟對於民進黨掌握過半席次而言，卻是完全不可或缺的極關鍵少數。台聯不可能完全配合民進黨，民進黨更不可能把台聯牽著鼻子走。
更有甚者，台聯精神領袖李登輝先生在選後進一步籌組群策會，已凸顯其退而不休的決心。陳總統決定放棄戒急用忍政策，顯然已背棄李登輝先生之大陸政策基本主軸。未來如陳總統不希望受制於李前總統，兩者之間的衝突與矛盾恐怕很快就會爆發。一旦民進黨與台聯同床異夢，就是國安聯盟徹底瓦解的時候。職是之故，泛綠聯盟之潛藏矛盾，恐會影響立法院之議事運作過程。
三、新任立法委員過多
第五屆立法院出現大量換血的局面，每個政黨都是新人輩出，本屆新任立委，加上不分區及僑選立委，高達一百一十四位，其比例已過半而高達百分之五十一。就國會新陳代謝而言，這未嘗不是好事。然而，就立法院議事運作而言，新人充斥的結果，將嚴重影響立法院議事運作之順暢。
由於現行立法院並非採委員會中心主義，委員選擇委員會不見得能如願依其專長進入相關委員會。如登記人數過多，則以抽籤方式決定，並非依其資深程度作決定，導致委員會缺乏專業性。影響所及，很有可能出現一大推新科立委擔任召集委員或程序委員的結果。由於新科委員缺乏立院相關會議經驗，自然會影響議事之順暢與和諧。
四、立法院院長之角色
由於第五屆立法院沒有政黨席次過半，未來的立法院院長必然是透過政黨協商產生，如此有助於立法院院長維持中立地位，進而有助於議事之進行。問題是：立法院院長主持議事之成效，尚有賴其調和各政黨與化解議事衝突之能力。如現任王金平院長能連任，依其個性與對議事之嫻熟程度，對立法院之議事運作應具正面意義。惟如果立法院院長換人，且新的院長不具備如王金平般相關條件，立法院之議事在初期恐怕會出現不順暢的局面。
五、執政黨與在野黨之互動
民進黨現在是少數政府，惟其所提法案與預算送到立法院之後，卻採取高姿態，不與在野黨協商、溝通，亦不尊重在野黨之角色，這是影響前兩次會期議事成效的原因之一。在第五屆立法院，民進黨是第一大黨，加上台聯，更高達一百席立委。如民進黨因而認為自己代表多數民意，以致更不尊重在野黨所代表之民意，仍不願透過溝通協調方式，尋求在野黨對法案預算的支持，甚至企圖以其優勢強渡關山，訴諸表決，恐會導致在野黨之強烈抗爭，甚至會使立法院議事癱瘓。
民進黨應還記得自己在野時，是朝大野小。國民黨作為執政黨，雖掌握過半絕對優勢，惟由於民進黨強力抗爭，還是導致第二、三屆立法院議事成效不彰；第二屆每會期只通過四十項法案，第三屆也只每會期通過四十八項法案。在第五屆立法院中，如民進黨企圖主導議事，無視於在野黨，以在野黨過半數之優勢，立法院之議事過程恐怕會受到嚴重衝擊。
參、改善立法院運作之策略
為改善立法院之運作，基本前提是：行政院應由立法院多數黨主導。少數黨組閣不但有違行政院向立法院負責的精神，也將迫使行政、立法形成對立，不利於立法效能之提升。在行政院具有立法院多數支持的前提下，應考慮：
在實施單一選區兩票制的國家，選民一票在比例代表制中選政黨，一票在區域選舉中選候選人。依日本經驗來看，如果單一選區的席次多於比例代表的席次，顯然對大黨較為有利，較易形成兩黨政治，並產生穩定的國會。無論就單一選區或政黨比例代表之選舉而言，皆有利於強化政黨之黨紀，並削弱派系黑金之主導力量，有利於國會政黨間之良性互動。
二、改善政黨協商機制
行政與立法兩院之間，應建立制度化與透明化協商機制。行政部門應審慎研擬法案，並重視與在野黨之溝通與協商，尊重在野黨意見，做必要妥協。政黨協商應提前到委員會審議階段進行，以避免委員會的專業審議結論在院會被推翻。
現有政黨協商制度是法案全部交付協商，形成法案互綁。應改為有爭議者才協商，且規定協商代表必須是委員會成員，以建立委員會專業制度，並杜絕少數立委或黨鞭「以案卡案」的機會。此外，總質詢與法案審查應以政黨辯論為主，由各政黨依席次比例分配發言時間。
三、強化議事運作
應明文賦予立法院長維持議場秩序之公權力；預算質詢併入總質詢，總質詢採分組方式進行；法案審議應建立分類制度，無爭議性法案先審；法案審查應以政黨辯論為主、個人質詢為輔，由各政黨依席次比例分配發言時間；院會以政策審查為主，委員會則側重專業分工之審查。另應強化立法院預算局與法治局之角色，提供各委員會專業諮詢。
四、落實委員會中心主義
應強化立法院各委員會之地位，使其成員具備專業性與權威性的「專家委員會」，以期發揮專業審查功能。另應強化預算局與法制局角色，提供各委員會專業諮詢。
為使委員會成為專家委員會，現行「自由登記」及「逾額抽籤」制應依「政黨比例」及「資深原則」，根據各政黨席次比例，由各黨統籌分配，資深委員應有權優先選擇委員會，名單由各黨團提出；為建立委員會專業形象與資深制度，「三位召委制」應改為「一位主席制」，由資深委員出任；議事運作方面，開會法定人數「三分之一以上出席」應改為「過半數之出席」，「聯席會議」應改為「代表參審制」，委員會會議應採「公開原則」，「黨團協商」應有相關委員會之朝野代表參加，以反映正反意見；院會得要求委員會提出「中間報告」及「限期審查」，但委員會之「審查報告」應有優先權，並且應將「保留發言權」改為「少數報告制」；立法院公聽會也應保障「少數黨權利」與「証人權利」。委員會席次與發言，應依政黨比例原則分配。委員會通過之法案，則應逕付院會二讀，不再進行政黨協商，以免被少數立委藉程序杯葛予取予求，遂行私利。而委員會通過之法案，需有院會出席委員二分之一反對，始得否決。