壹、前言
行政與立法是一個立憲國家組織的二大核心，其運作的良窳與否，不僅關係著政府的效能，更與人民福祇息息相關。兩岸事務的進展，儼然已成為台灣政局穩定與否的重要因素。一年來新政府政策空轉者多，原因複雜但唯獨金馬「小三通」政策如期實施，其過程是如何？成效又如何?由此見微知著的兩岸政策，可反映出當前兩岸的底線，亦可檢證新政府的行政、立法的政策思維，這是本文研究的旨趣所在。
回顧台灣地區從一九八七年十一月開放大陸探親，一九九一年修憲中制定「兩岸關係條例」等法令的解禁以來，兩岸關係可謂峰迴路轉，時而樂觀順暢無比，時而悲觀逆境重重，真叫人眼花瞭亂、乃至心驚膽跳不已。兩岸的問題錯綜複雜，有國際共產黨赤化全球共產革命意識型態問題，有國、共內戰權力爭奪因素作祟，當中又夾雜台灣特殊時空的被殖民歷史等情境下激盪出所謂「外來政權」抑制下尋求台灣人出頭天之「當家作主」特殊因素等等。在二００００年三月十八日，台灣總統大選結果，亦即所謂「政黨輪替」後，中共一直強調的如果台灣新當權者以「分離主義」割裂與中國的關係時，則不惜以武力解放台灣。
審視現今政權掌握在有「建立主權獨立自主的台灣共和國」的民主進步黨黨綱的決議文中，兩岸「獨」與「武」的險峻如何突破？衝突如何化解？正考驗著當前的兩岸政策領導人以及國際社會關心此問題者。
本文關心的重點在於「扁」政權當政後，推出的「可操之在我」的「小三通」政策，以此來論述此政策如何形成？其憲政機制的考慮如何？是居於安全取向呢？還是發展取向？尤其著重在「行政」與「立法」的互動，朝、野政黨意見的牽動等等因素加以分析。
貳、影響兩岸關係的体系理論
區隔大陸與台灣的分別，除了有形的台灣海峽之外，兩岸的意識形態、主權觀念、政治體制、倫理價值與經濟型態等仍然存有一定程度的相互推移與作用，這些理論體系已超乎一般正常國家內部憲政體制的「行政」與「立法」主導政局的基調。換言之，台灣特殊情勢是一「分裂國家」（divided nations or partitioned Countries）(Henderson,etc,1974；申相振，1987)的寫照，但無論是因外在因素或內在因素所導致的分裂，兩岸的情勢遠比兩德、兩韓、南北越還來的復雜與險峻，一者歷史正統論爭議與地理大小懸殊，促成了「另類的分裂國家」模式。茲就這些理論體系略述兩岸的異同與變化。
一、兩岸的意識型態體系是阻隔的主要藩離
大陸在過去二十多年的變革中，鄧小平所推動的經濟改革和對外開放政策，促使中共在政治、經濟、社會、文化各層面都出現許多巨大變革，美國學者何漢理稱之為中共的「第二次革命」。（Harding, 1987），其改革的巨大幅度與成果，讓中共政權的若干轉變不同於蘇聯與東歐共產國家的轉型。江澤民自一九九七年黨「十五大」正式掌權以後，為了深化改革，繼一九七八年鄧小平「實踐是檢驗真理的唯一標準」衝破了「兩個凡是」的禁錮，是進行了所謂第一次思想解放，及一九九二年鄧小平南巡時衝破「姓資姓社」爭論不休的第二次思想解放後，江澤民於一九九七年更突破了「姓公姓私」的爭論，進行第三次思想解放，這些改革，帶來大陸世紀末翻天覆地的大變遷。
但是，限於「四項基本原則」下的改革，仍無法突破思想的底層，江澤民在第十五大的報告「高舉鄧小平理論偉大旗幟把建設其有中國特色社會主義事業全面推向二十一世紀」中說：「在當代中國，馬克斯列寧主義、毛澤東思想、鄧小平理論，是一脈相承的統一的科學體系。堅持鄧小平理論，就是真正堅持馬克斯列寧主義、毛澤東思想；高舉鄧小平理論的旗幟，就是真正高舉馬克斯列寧主義、毛澤東思想的旗幟。」（厲平主編，1997：5）對於這樣的思想框架，意識形態仍然維持定於一尊，大陸朝、野人士在檢討「關鍵時刻－當代中國極待解決的二十七個問題」一書中，有關「意識形態」問題就提出：「在改革開放中，在意識形態和文化道德、價值信仰諸多方面，有時放任自流，有時風行批判，唯獨缺乏系統的正面建設。新時期出現大量新問題，老的理論解釋不了，新的理論又未系統建立，科學社會主義理論在當代中國意識形態的中心地位受到極為嚴峻的挑戰。」（許明主編，1997：56-57）換言之，大陸上層建築的意識形態未能做徹底的解凍，而台灣地區的政權領導人的更迭，意識型態大幅鬆動，「三民主義」已從必考、必修中解放出來，政治領導人一再闡釋「我也是台灣人」、「新台灣人」等論述已顯示開放意識正形成中，亦即兩岸意識形態仍在一緊一鬆的不對稱狀況中。
二、兩岸存在的第二個理論差距是「主權」與「國家認同」問題。
「主權」從十六世紀布丹建構理論以後，已逐漸從「君主主權」過渡到「國家主權」、「議會主權」到「國民主權」原理。在兩岸「政權」互不隸屬之下，所謂「一個中國，各自表述」之下，中華民國從「漢賊不兩立」已修正為「主權統一、治權分享」、「一國兩席」等「屋頂理論」之探索與表述。但這些論述仍不為中華人民共和國所接受。
在國家認同上，學者或者以「實存論VS.意志論」（substantialist view vs. volitionalist view）（Parekh，1994：503-504）或者稱之為「原生論VS.現代論」（Primordialist view vs. modernist view）（Dahbour，1996：2），這理論說明了，民族主義的支持者認為國家是維護民族文化、實現民族使命的制度性組織，個人確認民族國家對自我實現的關鍵性。而自由主義的支持者則認為國家乃是一群人為了保障私人的利益，防止彼此侵犯的弊病而組成的政治共同體。在這種意義下的認同比較不強調歸屬與情感，而多了一些意志選擇的成分。」〈江宜樺，1998：21-22〉當前大陸較強調「實存論」、「原生論」、與「國家主權」、「大中華民族主義」之意識自然形成。而台灣整體思想逐漸趨向自由主義孕育下的「意志論」、「現代論」、與「國家主權」論，再者如「台灣人的民族認同—民進黨的準民族主義—公投自決」的論述下的台灣民族主義亦成長之中〈施正鋒，2000：41-61〉。換言之，兩岸的「主權」與「國家認同」理念差距是有著理論淵源的分殊化所形成之當代問題。
三、兩岸存在的第三個理念差距是「民主集中制」、「共產黨專政」與「憲政民主」問題
民主集中制是馬列主義建黨學說和無產階級政權學說的重要組成部份，是中國共產黨的根本組織原則和領導制度。江澤民在「堅持和健全民主集中制維護黨的團結和統一」一文中說：「現代化建設和改革開放是極其宏偉艱鉅的事業。只有實行民主基礎上的集中和集中指導下的民主相結合，才能充分發揮各級黨組織和廣大黨員的積極性創造性，集中全黨智慧，保證黨的決策的正確和有效實施，增強黨的紀律和戰鬥力，使我們的事業順利前進。」〈列寧等，1994：1〉共產黨是無產階級的先鋒部隊，是達成共產社會的尖兵，是代替「人民民主專政」的必要組成，民主集中制使黨成為權威式的領導體制。「專政」理念又使共產黨成為「人民」的唯一代言人。毛澤東在「關於正確處理人民內部矛盾問題」一文中說：「專政的第一個作用，就是壓迫國家內部的反動階級、反動派和反抗社會主義革命的剝削者，壓迫那些對於社會主義的破壞者，就是為了解決國內敵我之間的矛盾。…專政還有第二個作用，就是防禦敵人的顛覆活動或可能的侵略。」〈毛澤東選集第五卷，1977：366〉簡言之，共產黨專政就是由共產黨領政下，打倒一切反動派。
中共的專政體制，在政權最初三十多年，一般以極權主義視之。晚近改革開放，在「政左經右」的矛盾中，是做了一些變化，但論者仍以「間歇性極權主義」〈sporadic totalitarianism〉來描述其社會控制之本質。〈Liu，1992：293-316〉這種體制思維不變，不同於他的就是反動派、就是顛覆活動。中國能否走上蛻變而帶來民主化契機，論者以為關鍵仍在「憲政的選擇」上，亦即「讓全國人民代表大會握有更多實權」、「賦予選舉活力」、「憲法監督權」、及「司法獨立」等要項上。〈Nathan，1997，ch. 15〉中共政體近年是有些許鬆動〈decompression〉和官僚化〈bureaucratization〉和理性化的跡象，但是並未發生政治自由化，更不用說是民主化，…台灣的經驗至少顯示，即使環境十分惡劣，在儒家文化和黨國體制的土壤上還是可能誕生民主。」〈林佳龍，1999：60-61〉，大陸民主化的困難，主要在掌權者身上，論者以為：「很難看出，無論如何，在中共領導人中，幾乎沒有人不想馬上丟官而去邁出第一步，放棄黨一貫堅定執行的反對給予任何黨外政治團體以自主權的強硬路線。」〈Blecher，1997：226-227〉堅拒民主潮流的中國與逐步民主化的台灣是當前兩岸互動差距的一大要素，恐怕亦是談判決策與思維僵硬的一大阻力。
四、兩岸互動的第四個理念是「中華傳統文化的復甦與對話」
八十年代的大陸學者開始有孔子、老子等儒道思想的討論，並成立各種研究會、發行學術刊物，在「七五」計劃中，儒學已成一項鼓勵的課題。論者以為，當前大陸文化思想上有三個主要系統，「一是中國和東方固有的傳統文化；二是從早期蘇聯傳入的馬克思主義學說和社會主義思潮；三是來自現代歐美和日本的西方文明」，「中國新文化的發展只能在上述三種文化體系的互動之下進行，互相碰撞，又相互滲透，既改變對方，又改變自己。」〈牟鍾鑒，1997：10-11〉上述論點，大體上符合大陸現有的價值體系之衝擊，由是觀之，其中的中國固有傳統文化及歐美、日本西方文明的再深化是可以產生深度對話與趨同作用，是接近台灣主流價值理念的，這二個共同點是兩岸良性交流、互動的有利基礎。
五、兩岸互動的第五個理念是經貿交流的持續加溫
兩岸經貿交流近十多年來可謂日趨頻繁，年年加溫。原因在於「大陸地區充沛與低廉的資源及勞力、文化語言差異小的優勢，引發產業赴大陸的投資熱潮。去年五月民進黨執政後，由於政策上對兩岸關係態度不明，加上核四、美濃與縮短工時等重大爭議，致使國內投資環境急遽惡化。對大陸投資近七成集中於民進黨執政後的下半年。經濟部長林信義於去年十月廿六日坦承，大陸地區在土地、工資、市場等投資條件上相較台灣好得太多，中國大陸對台灣廠商」的確具有『磁吸作用』。」（黃鎮台，2001：33）
在過去一年（西元二千年）兩岸重大經貿互動數字如下（王嘉州，2001：3-4）：第一、兩岸貿易總額323.86億美元，較上年同期成長25.8﹪，台灣對大陸輸出金額為261.62億美元，較上年同期成長23.3﹪，自大陸輸入金額為62.23億美元，較上年同期大幅成長37.5﹪。第二、台灣對大陸投資增加一倍，去年經投審會核准對大陸投資案共八百四十件，金額為26.07億美元，與上年同期比較，件數增加72﹪，金額增幅更高達108﹪。在兩岸貿易依賴的密切可從四方面說明：第一、在貿易往來上，台灣較依賴大陸，：台灣對大陸貿易占台灣總額的11.2﹪，而大陸對台貿易僅佔其總額的6.4﹪。第二、在出口貿易上，台灣較依賴大陸：台灣對大陸出口佔台灣總額的17.6﹪，對台出口則佔大陸的2﹪。第三、在進口貿易上，則大陸較依賴台灣：自大陸進口佔台灣總額的4.4﹪，自台進口則佔大陸的11.3﹪。第四、台灣是大陸第五大貿易夥伴，第二大進口市場；大陸則是台灣第二大出口市場和最大貿易順差來源地。
在經濟成長上，兩岸的互賴關係值得注意：自一九九一年起，香港已取代美國成為台灣最大貿易順差地區，再將台灣歷年貿易順差與對大陸順差進行比較，發現自一九九三年開始，若扣除對大陸的貿易順差，台灣貿易即成為逆差。對大陸方面而言，台灣赴大陸投資對大陸的經濟發展，特別是在資本形成、生產、出口創匯、創造就業機會以及技術轉移等方面作出了相當貢獻。
在投資發展上，資金是單方面從台灣流向大陸。根據經濟部投審會的統計，歷年投資金額已累計達171億美元；大陸經貿部統計的協議金額為472.2億美元，而實際到位金額則為255.5億美元；據非官方統計，則約達一千億美元。去年對大陸投資佔台灣對外投資總額（76億美元）的34﹪，為大陸第六大外資來源國，而大陸則為台商對外投資的第一選擇。
從這些資料與數據可得到幾項特徵：1.兩岸經貿往來愈形密切，台灣政權替換後，反而呈現「政治冷、經濟熱」之不正常現象。2.經濟成長上，大陸依賴台商經驗與技術，但此特點大陸可移轉而台灣依賴大陸市場，此特點逐漸加重，且有不可逆轉之症候。3.在投資上則為台灣對大陸單向關係。上述這些「依賴」特徵，如果出現在一和平的兩岸環境，溝通管道順暢，則無可厚非，但如兩岸敵意未除，則隱憂重重，誠如國內報刊社論所言：「企業、資金拜戒急用忍太鬆之賜，漫無節制地流往中國，已使中國掌握更多威脅台灣的籌碼。所謂的『以商圍政』、『以經促政』，已經不是中國對付台灣的抽象理論，而是活生生的將統戰手腳伸進台灣的現實。」（自由時報，2000年4月3日第三版）這種以商圍政，會不會進一步使台灣形成「香港第二」，或者如同六十、七十年代拉丁美洲依賴美國，導致種種不平等關係的存在。而明知此依賴關係是「不割有害」但「欲斷不能」。吾人如是之言，絕非「妖魔化」對方，而是尋求政治、經濟上兩岸的政府與人民都能雙贏。
海峽兩岸上述這五種理論關係與體制現象與特徵在交流與互動的過程中，呈現一種「互斥又互補」、「異質又相容」的矛盾與弔詭現象已愈形增加。兩岸的詭譎莫測的種種未來之發展就存在更多不可測知的變數了。
參、小三通政策的形成與兩岸架構的衝擊
新政府成立以來，施政上延續了選舉口號如「全民政府」、「超黨派」之理念，但一年運作下來，卻導致股市崩盤、投資不足、經濟下滑、失業率上升以及種種社會、政治亂象，印證了這些選舉口號只是虛幻的政治迷思。扁政府的兩岸政策，最初幾次的政策談話，如去年三月十八日勝選當晚的呼籲兩岸領導人為彼此關係未來的良性發展，竭盡智慧與勇氣，邁向「善意和解、積極合作、永久和平」的永久目標。（中國時報，2000年3月19日）五二０就職演說中強調：「只要中共無意對台動武，本人保證在任期之內，不會宣布獨立、不會更改國號，不會推動兩國論入憲，不會推動改變現狀的統獨公投，也沒有廢除國統綱領與國統會的問題。」六二０記者會上說：「九二年…如果有『共識』，應該是『一個中國各自口頭表述』，…我們為什麼不繼續努力，試著尋找出『一個中國』的涵意，一個能為兩岸所能真正接受的『一個中國』的真正涵意。」（民進黨中國事務部，2000），這些展現和緩氣氛的談話暫時換來中共當局以「聽其言、觀其行」加以回應。但後來阿扁關於「國統會主委人選未定」、「統一不是唯一選項」的談話。就引來中共發表「國防白皮書」中重申對台動武的「三個如果」，兩岸開始陷入「冷處理」的新困境之中。
在新政府「新手上路」的「政策空轉」將近一年的渾沌狀態時期，兩岸關係誠如上段有五項相剋相生的因素相互撞擊，但其中經貿關係卻異常地持續加溫，「小三通」且意外地獲得一些進展，原因何在？頗耐人尋味，尤其台灣首次出現在政治學上所謂的「分裂政府」（divided government）（cox ＆ kernell, 1991, Fiorina, 1992）亦即行政、立法部門分別由不同政團支配下，此一政策如何形成，就格外引人注目。
一、「小三通」的背景：
二０００年三月二十一日立法院通過「離島建設條例」，並於四月五日公布實施，該條例第十八條規定：「在台灣本島與大陸地區全面通航之前，得先試辦金門、馬祖、澎湖地區與大陸地區通航，不受台灣地區與大陸地區人民關係條例等法令限制，其實施辦法，由行政院定之」，此即所謂「小三通」。行政院於五月十八日邀集有關機關協商「離島建設條例」相關子法訂定事宜，指定由陸委會與交通部適時研訂「試辦金門、馬祖、澎湖地區與大陸地區通航實施辦法」，這是國民黨主政時期「小三通」的若干進度。
二、九十年六月八日—「實施離島建設條例第十八條之相關問題及評估作業計劃」期間行政與立法部門之考量：
新政府在九十年六月八日立法院第四屆第三會期內政及民族委員會第五次會議中，陸委會蔡英文主委在「實施離島建設條例第十八條之相關問題及評估作業計畫」專案報告中以新政府對「三小通籌備情形」作了規劃步驟：（一）在影響評估上：1.國防安全--例如：離島國防戰略地位、離島防務（空防預警、海防監控、地面防衛等事項）。2.經濟影響--例如：航運、工商、農、漁業發展、金融及金、馬、澎湖地區整題建設等。3.社會影響--例如：走私、偷渡、防疫等問題及中長期治安維護等。4.法治層面影響--例如：管轄權問題、兩岸人民關係條例通用問題。5.大陸政策及兩岸關係的影響--例如：對兩岸整体關係的可能衝擊、與「三通」政策之互動影響等。（二）規劃期程上：「小三通」之相關評估、規劃及整体實施方案之研撥，預定在六個月內完成。（蔡英文，2000（一）：11-13）這類的綱領性評估大體上是完整的，只是細節評估要項無以得知，無法再深入檢證。在質詢部分則點出了不少「小三通」政策朝、野之看法。
金門地區選出的國民黨籍立法委員陳清寶質詢中說：
小三通這個名詞是中共先提出來的，我們已經錯過回應的第一先機。光是小三通，如果要由海基會與海協會來來談，恐怕是遙遙無期。你們口口聲聲說安全，把安全無限上綱。當年台灣人不准去金門觀光，國防部長回答立法委員說，去金門觀光要睡哪裡？讓金門人覺得很好笑，政府都是在倒因為果。我們要求開放長途電話，政府說開放會洩密；要求開放民航，政府說萬一飛機開往大陸怎麼辦？……..安全在哪裡？大陸漁民到金馬沿岸，成群的牛上岸你們何時看到安全？本席希望看到主委表現出主動、積極的一面，而不是踩煞車、退縮的表現。（立法院公報，89（38）： 242）
蔡英文主委答覆：
這不是遙遙無期，而是可以期待的事情。委員方才所說的問題，不是不存在，我也不刻意去批評舊政府，事實上，舊政府在兩岸關係上有很穩健的作法。新政府希望以積極的態度來作此事。（立法院公報，89（38）：242-243）
由於過去金、馬實施戰地政務的關係，金、馬地區在國家安全考量下，「建設」步伐太慢了，尤其相對於對岸的廈門等地之高樓大廈等發展，金、馬民眾希望政府採主動、積極的一面是極其迫切的。
民進黨鄭寶清委員質詢說：
在考量國家安全、考量航運安全、考量人民在大陸的人身保障及權力上的保權，希望陸委會能夠作全面性的規劃。不管「小三通」、「大三通」，是未來必走之路。現在政府若放任不管，造成離島做很多投資在小三通上，未來因「大三通」實施優於「小三通」，將對離島的建設造成很大的傷害。（立法院公報，89（38）：245）
蔡英文主委答覆說：
我們對此也深感憂慮，所以在評估「小三通」時，同時也評估「大三通」。不想因為「小三通」和「大三通」有評估的落差，造成「小三通」部分有投資過剩的現象。（立法院公報，89（38）：245）
從執政黨立法與行政的對話中可看出其政策將兼顧國家安全與人民權益，並以此防堵在野黨儘速推動「三通」之訴求。而此時「大三通」與「小三通」實施時間先後並沒有一定的規劃時程。
國民黨籍的朱鳳芝委員質詢說：
陳水扁先生曾到鎮瀾宮二次，目的為了推動宗教直航、推動三通、單向定點直航。立法院在今年三月底時，不分朝野，迅速通過「離島建設條例」。主委也於六月二號承諾一個月內解決「小三通」的問題，可是現在全部被推翻掉。．．．．．．．我們不知道新政府是否選前沒有考慮到「小三通」、「大三通」等問題的後遺症而亂開支票，還是在騙選票，甚至騙媽祖？（立法院公報89(38)：245）
蔡英文主委答覆說：
我絕對未在六月二日對e世代委員做出一個月的承諾，我很了解這件事的複雜性，因為當時評估方案的初稿已出爐，已經知道不可能在一個月內解決。（立法院公報，89(38)：246）
這段對話，讓人了解選前、選後兩樣情。光「小三通」問題已牽涉到國安、社經、法令諸多問題。
國民黨籍的丁守中委員質詢說：
當台灣主體意識愈來愈強烈說，中共立場也不見轉寰，兩岸未來妥協的空間是不是會愈來愈小？是不是該利用政治敏感度較低，只限地方層級的小三通來有所突破？本席記得主委曾經表示過小三通是主委將優先推動的政策，可是現在好像又要牽延？中共將來會不會將政治上的一個中國原則納為小三通協商的前提條件？如果他們不設一個中國的前提條件，也同意小三通是我們的善意，可是他授權福建地方政府來談判，接不接受？（立法院公報，89(38)：281）
蔡英文主委答覆說：
陸委會從頭到尾的評估的期限都是六個月。中共有一定基準的立場，（指一個中國原則），也有一定的彈性，．．．．．．．．．．這些話是有一定的事實資料來源。現在沒有答案，但不排除此種模式。（指與福建省政府談）。（立法院公報，89（38）：281-282）
小三通是不是政治敏感度較低之地區，中共會做出何種反應？六個月後將可見真章，再者此時與對岸中央政府或地方政府談都不預設立場。
另外國民黨籍黃顯洲委員提書面質詢說：
陳水扁在當選總統之後的公開場合都提到要促成三通，蔡主委您剛到立法院時也自信滿滿提到要促成三通；然而才不到兩個禮拜新政府從「全面三通」到「小三通」，從「年底前開放小三通」到「小三通沒有時間表」。在歐洲整合運動的研究中有一所謂的功能途徑（functionalist approach ），其假設在某些特定的事務領域進行整合，會帶走其他事務的整合，最後形成全面性的整合，…..如果三通的政治結果最後妨礙到陳水扁的台獨運動時，您會繼續贊成三通嗎？還是會搬出「戒急用忍」的主張？對於交通部葉部長提到三通的規劃先後程序是「先海後空」，本席認為只要將目前實施的「境外航運」從高雄港擴大到基隆和台中兩港，直接開放高雄、台中、基隆三港與大陸港口。通航、通商即可達到小三通的效果。（立法院公報，89（38）：307-308）
黃委員的質詢可以看出，「小三通」或「三通」的經濟整合可能帶來政治的整合，如同歐盟模式，或部分香港發展趨勢，對此時此刻多數台灣民眾是有憂慮的。而「小三通」與「境外航運」的政策轉變，一方面是居於金、馬民眾的需要，另一方面未嘗不是「新政府」大陸政策的一項試探。
九十年六月十三日立法院第四屆第三會期第二十三次會議將新黨黨團、國民黨黨團及親民黨黨團為台中大甲鎮鎮瀾宮「媽祖」赴大陸湄州尋根接火活動，行政院應基於尊重民俗與尊重民意，宜採「專案特許」案及上述三黨團共同提案，為金馬兩地實施「小三通」，行政院應即遵照「離島建設條例」第十八條之立法意旨，從速訂定施行細則或相關執行辦法，並於三個月內完成，二案併案討論。
基本上三個在野黨團上述兩案共識性極高，而執政黨不願將「小三通」與「宗教直航」掛勾在一起。
民進黨籍的王麗萍委員質詢說：
政府應注意也應深思，基於憲法所規定宗教自由平等發展的原則，是否應特定的、特權的開放單一團體或單一的個人？再者，媽祖應繼續扮演台灣海峽兩岸的和平女神、心靈重建的女神，不要使媽祖變成威脅到國家安全的籌碼（立法院公報，89（34）：59）
民進黨立委戴振耀質詢說：
民調的結果，有百分之七十以上的台灣人民基於國家安全、主權獨立以及人民的福祉，反對媽祖在這個時候直航中國。（立法院公報，89（34）：63）
執政黨立委以憲法上的宗教平等及主權獨立、國家安全及民調數據等理由來反對在野黨團的尊重民意、「專案特許」的自由權之行使，可說是朝野政黨拿平等權與自由權之對抗。
六月十三日院會的質詢，可謂聊備一格，緣由在於六月十二日上午立法院與行政院已進行協調當天下午王金平院長又主持朝、野黨團協商，並做出了三個決議：「（一）政府應在三個月內完成小三通評估，再三個月內完成規劃後，隨即實施優先試辦項目：1.除罪化2.可操之在我部分。（二）在前項架構下，政府應優先試辦經離島宗教通航。（三）在評估與規劃同時，政府應盡力推動兩岸協商之恢復。」（立法院公報，89（34）：67）
朝野協商的結果，「宗教直航」行政院爭取到三個月評估與三個月規劃的時程，緩和了七月中旬直航的民意壓力及擲杯神意。而在野黨亦得到「小三通」與由宗教通航在六個月內實施之時程。
馬祖選出的國民黨籍曹爾忠委員就認為：
這協商基本上「落實離島建設條例第十八條的部分，具有考量國家安全、兩岸對等、漸進試辦、解決離島現存的問題，以及開創離島未來新希望等五大功能。」（立法院公報，89（34）：56）
換言之，離島建設條例第十八條所衍生出的「小三通」是在一「漸進試辦」的原則下優先的項目，而「宗教直航」有「大三通」之疑慮，是不宜超前的。這項朝、野協商的共識，是新政府主政初期難得的成果，而在野黨團的共識，未嘗不是立院中「在野聯盟」合作的濫觴。
前述朝、野兩項共識，經內政部、國防部、財政部、經濟部、交通部、經建會、農委會、海巡署以及國安單位等，分別從國防安全、社經秩序、經濟建設、法令適用、大陸政策及執行層面加以評估，由陸委會彙整，於二000年九月中旬完成兩岸「小三通」影響評估報告，經提報九月十四日行政院政務會議討論，完成修正後，於九月二十五日函報行政院核准轉立法院。
三、九十年十月十九日—「小三通執行可行性評估」期間行政與立法部門的考量
立法院於二000年十月十九日內政及民族委員會中聽取蔡英文主委有關「小三通執行可行性評估」專案報告備詢。
在這次專案報告中，行政院陸委會的著重點有：
（一）以漸進、局部方式實施「小三通」，金、馬地區可優先實施，俟運作正常後，再評估澎湖地區與大陸地區有限度「通航」。
（二）現階段不宜開放中轉（台灣貨品經金馬輸往大陸，或大陸貨品經金馬輸入台灣）及彎靠，但可考慮專案核准特定項目之需要。
（三）開放項目將分階段推動，初期規劃：
1.航運：先開放海運「通航」，以「一區一港」為原則，採「定點、定期、定線」方式進行。以金門料羅灣及媽祖福澳港，航線則以「金門-廈門」、「媽祖-福州」較單純。
2.商品貿易：以滿足金馬民生需求為重點，加工型貨品轉運貿易為輔；中轉型貿易在兩岸「三通」前不宜開放。輸入部分以除罪化為主要目的，並採正面列表方式。輸出部分除管制出口項目外，在金馬地區生產製造之貨品均可出口。
3.人員往來：金馬人民進入大陸應限於民生需要及促進離島經濟有關事項，以及人道因素。大陸人民進入金馬地區，依金馬地區防務需求、安檢人力及設施等初步估算，大陸人士在金馬停留人數每日七00人以下，媽祖一00人以下。
4.工商發展：未來發展仍以觀光業及相關商業有較大發展空間，可規劃「大陸（兩岸）貨品交易中心」。
5.農、漁業發展：金馬地區可朝轉型為休閒農漁業。
（四）「小三通」規劃原則：
