我國中央與地方政府的權限劃分，長久以來一直是備受爭議的焦點。為了協調兩者的職能、簡化行政層級與提升政府效率，前行政院蕭內閣特別在民國87年1月2日通過的「政府再造綱領」中，將地方政府組織再造納入「政府再造」的一環，並於同年3月29日成立的「政府再造推動委員會」下設「組織再造小組」，主導精簡台灣省政府與台灣省議會的組織。在省需級化之後，中央政府與地方縣市政府財政資源合理分配的議題便更為突顯。

然而，甫執政的民進黨政府並未能有效面對此一問題。預估到89年年底，地方政府的負債將高達1000億元以上（工商時報，民89年6月30日）。財源既嚴重不足，地方首長最簡單的方法便是直接向中央索款，尤其是在統籌分配款的比率上討價還價。起初，行政院長唐飛89年7月7日在立法院答詢時指稱，90年度的統籌分配稅款，傾向於北高二市的比例仍維持47％，縣市35％，鄉鎮12％，縣市不足部分由一般及專案補助款補足（工商時報，民89年7月8日）。可是，地方首長對此並不同意，除建議統籌款分配比率應改採公式制（工商時報，民89年7月11日）外，兼在7月10日上午，由台北縣長、宜蘭縣長、基隆市長、新竹縣長、新竹市長、台中縣長、彰化縣長、雲林縣長、嘉義縣長、南投縣長、台東縣長、花蓮縣長、台南市長及高雄縣長等十六位縣市長、五位副縣市長親赴行政院拜會唐飛。在縣市首長的強烈反彈下，行政院轉趨承諾重新考量中央統籌稅款分配制度（中國時報，民89年7月11日）。

在90年度的統籌分配款比率定案之前，地方首長意見紛呈、步調不一，甚至有民進黨自家人扯中央後腿的情況發生，如高雄市長謝長廷17日說出重話，請大家把焦點放在「城鄉差距」追求合理化之餘，更應關切南北平衡問題，若民進黨政府未實現對高雄市的南北平衡承諾，即形同「徒託空言」（中國時報，民89年7月18日）。相形之下，國民黨籍的台北市議會議長吳碧珠卻在同一天代表議會發表正面聲明，表示為了行政院、直轄市和各縣市能獲得三贏，行政院應維持原定比率，並增加對各縣市政府的補助款，俾免激化相互之間的對立，損及夥伴關係（中國時報，民89年7月18日）。

在各方意見角力下，行政院終於在19日對統籌分配稅款拍板定案，依財金單位原先建議，以地方金融營業稅率由5％降為2％為基礎所計算的結果，北高二市所能分配比率自47%降為42.6％，行政院核定給予43％（工商時報，民89年7月20日），其他縣市則自35%調升為39%，鄉鎮市則維持12%的比例，另行政院保留6%作為緊急調度之用。此案一出，各地方首長幾無人滿意。由於陳水扁在台北市長任內極力爭取維持47％的分配比率，卻在當選總統以後，將其對市民的承諾拋諸腦後，違反了對台北市民的信賴保護原則（中國時報，民89年7月20日），而且，新的統籌稅款分配比例會導致台北市歲入減少42億元，故市長馬英九發表嚴正聲明，指此項決定是政治惡鬥的結果，使得「元首失信、內閣失策、人民失和、議題失焦」，平白犧牲北、高兩市市民原有的權益（中國時報，民89年7月20日）。馬英九並批評這次統籌分配款爭議的關鍵在於中央未能釋出更多資源，地方政府只好到處搶錢。而陳總統競選時不斷批評中央集權又集錢，但行政院卻不比照去年釋出特別統籌款（中國時報，89年7月22日），其後果便是台北市政府面臨財源窘迫壓力，不得不全面檢討緊縮90年度總預算，計劃優先刪減4項台北市優厚的社會醫療福利約40億元的津貼，以及各單位補助考察款預算，並將首度嚴審刪減市議會所編的近8億元預算，與議員要求請託的基層道路建設等預算（中時晚報，民89年7月20日），而短缺的近42億元，對於台北市的學校校舍整建、社區更新計劃、弱勢族群的補助照顧及市場的興建等，產生劇烈的負面影響（中國時報，民89年7月23日）。在其他縣市方面，縣市獲配比例雖有所提高，但多數縣市首長仍表示統籌分配款應歸零重新計算才合理（中國時報，民89年7月20日）。

平心而論，統籌分配稅款的主要目的，乃在於滿足地方的基本財政需求。過於強調分配比率高低的結果，讓各地方皆卯足了勁，提出數據，比較每人或每單位土地面積分得的多寡，藉以爭取提高分配率的合理性（工商時報，民89年7月20日），卻對地方財源的疏困沒有多大幫助。統籌分配稅款的第二項目的，即在於平衡城鄉差距，原本就是一種具有高度政治性的財源，有關的分配也必然存在一定程度的政治考量，只能在分配時儘可能斟酌公平的原則。就地方政府的民選首長而言，無論是基於實踐競選政見或政治效應的考量，對於財源的極力爭取，誠然為必要的政治手段。然而，台灣地區目前有關財源分配的主要問題仍在於總體政府財政狀況欠佳，加以各地方因以往長期發展差異所導致的地方政府稅收差距過大，因而導致地方政府財源普遍不足（中國時報，民89年7月20日）。目前各級政府無一不喊窮，所以能賴的債就賴，財政閉關自保，跨政府合作將難以進行（中國時報，89年7月22日）。

其實，行政院不論如何分配，都無法令各方服氣。地方首長除了向中央爭權與錢之外，更應努力開源節流，提升行政效率。否則，即使分配到再多的錢（工商時報，民89年7月9日），也只能治標不能治本。要根本解決地方財源的問題，關鍵繫於中央的民進黨政府能否「放權」與「放錢」，並不在於分配比例的多寡。迄今為止，中央依舊不放權也不放錢，就算以強硬手段將北、高兩市的統籌稅款分配比例降到41％，也不過多出100餘億元，這對解決各縣市的財政困局，無疑是杯水車薪（工商時報，民89年7月10日）。

90年度統籌分配稅款的爭奪戰，不過是反映我國政治體制問題的冰山一角，回歸制度的基本面進行改革，問題才能真正獲得消弭，否則只是「挖東牆補西牆」而已（中國時報，民89年7月20日）。民進黨政府的當務之急是應以大格局思維，從國土規劃與地方自治的角度，配合相關法規的制度性改革，建立良善的機制，給予各地方政府更大的自主空間，促使各縣市良性競爭，以吸引優秀人才及相關產業活動的移入，並掙得其應得的稅收財源，以減少仰求於中央政府的恩賜，而非如陳總統之言，將財政惡化之因一味推托為舊官僚的編列不當（中國時報，民89年7月22日），無視蕭內閣時代對「結合民間政府資源、中央與地方共同推動發揮協力效果」之政府再造綱領推動策略的努力。在精省的階段完成後，確實達到了地方組織、人力與業務的精實，若能承繼原定方針，則地方財源短缺的問題可望透過這一波地方政府再造而得到根本性、制度性的解決。但是自民進黨政府執政之後，不見其在這方面有何周延性與長遠性的作為，由90年度的統籌分配稅款一例，即可看出其施政流於短線操作、易屈服、擅妥協、不能堅持原則，不但無法因應地方財源的問題，更令人對未來地方政府組織再造的前景憂心忡忡。