三月十八日，民進黨總統候選人陳水扁以不到百分之四十選票擊敗另外兩名主要對手，成為中華民國第十任總統，雖然宣稱完成了台灣民主政治史上首次「政黨輪替」，但也終結了長久以來台灣的政治穩定結構，政局進入「分裂政府」(divided government)時代，也成就民進黨行政與立法形成結盟的基礎。
對一個新興民主國家而言，政治穩定可以說是「民主鞏固」的先決要件，而行政與立法間的關係乃是政治穩定的重要因素，但要達到平衡須視執政黨能否取得國會多數而定，若總統當選人得票率不高，特別是並未過半之下，則總統勢必加強與執政黨國會黨團、議員之關係。事實上，對於民選總統而言，當選後的第一要務，就是想辦法如何進一步擴大選舉獲勝聯盟(electoral coalition)，以有效營造執政聯盟(governing coalition)。
執政聯盟約略可分為行政聯盟(executive coalition )與立法聯盟(legislative coalition)，對於少數總統而言，單依靠一個不穩定的「行政聯盟」並不足以推動法案與政策，唯有建構一個「立法聯盟」以相配合，才能有助於法案通過與政令推行而執政黨，另一方面，若執政黨議員在國會居於少數劣勢，則「聽令」於行政系統，並選擇與對緊密結盟的機會也將大增。
以二○○○年台灣大選後的政治生態而言，雖然陳水扁在總統大選中取得勝利，但居於「少數總統」之劣勢，而民進黨則在國會中維持不到三分之一的席次，亦屬弱勢，因而一直面臨到政權不穩的問題，特別是從唐飛下台，「陳唐體制」瓦解，「少數政府」上路，不論行政、立法皆面臨困境，因此兩者採取合作態度也與日俱增，黨籍立委逐步取得與聞決策的空間，但總統的影響力也進入黨團，乃至於國會，兩者逐步形成共生共利的關係（Seligman and Covington 1989,8-9; 施正鋒2000, 6-7）。
另一方面「少數政府」成立雖使民進黨號稱「全面執政」，但陳水扁政府與在野黨、立院關係很快地因「核四案」處置失當而降至冰點，事實上，陳水扁的幕僚早就預估，在可見的未來，行政和立法關係仍將是衝突多於合作，衝突並將成為常態，加上在野黨立委對於陳總統多採不信任的態度，且欠缺溝通管道，因此未來若要使政策順利推行，也有賴民進黨立委以朝野協商的形式居中協調，以達成「有效治理」，並順利推動該黨主張的改革（林佳龍2000）。
而「路上的石頭」不僅只有唐飛和全民政府而已。「派系共治」的生態與「菁英出頭」的個人主義為民進黨慣有的特性，導致此種結盟常出現變數而分散力量，不僅無法給予行政機關奧援，有時甚而砲打行政系統，出現對立性的發言，成為陳水扁總統頭痛的因素之一，未來在以陳水扁為派系領導核心下，「少數政府」＋「國會少數」的結盟是否由穩定趨緊密，將攸關民進黨能否推動改革贏得民心，以及二○○一年立委選舉能否拿下更多席次，最重要的則是陳水扁三年後能否以卓著的政績連任。而如何打破以往傳統，控制派系，乃至「以政領黨」不僅成為陳水扁思考的重要問題，相對也是在野黨是否被此一結盟關係擠壓、限制發展的主要變數。
民進黨立委的結盟對象
過去在成為執政黨之前，與國民黨相較，民進黨立委的自主性原較高，而黨對於黨籍立委的約束力，相對地也顯得較過去國民黨低。究其原因在於民進黨的菁英要當選國會議員，政黨所能給予的金錢、人脈等資源並不豐沛，是否被「提名」並非也並非。加上「派系協商」為民進黨長久以來的不成文的規範與傳統，因此民進黨立委自主結盟的空間也就相對較大（郭正亮 1998, 161）。
觀察民進黨立委、立院黨團的動向，可以發現至少有四個潛在結盟對象，按結盟的緊密程度，依序為總統（總統府）、行政院與各部會、黨中央、非黨籍立委。
就與黨籍立委與總統的結盟關係而言，「西瓜偎大邊」或許是民進黨立委把總統當作結盟首選，「乖乖聽話」的最好解釋。現行憲政體制賦予總統相當大的行政權力，包括內閣組成、人事任命，使總統在最終決策權上有機會把所有行政資源「整碗捧去」。因而，權力與利益的分享是黨籍立委向總統要求分杯羹的主要訴求，也是向總統靠攏的重要誘因，兩者的結盟逐步強化為少數政府羸弱體質下，不得不出現的共生關係。
台灣到底是雙首長制或總統制是一個爭辯不休的問題，而在「全民政府」時代又被提出討論，然而可確定的是，全面綠化的「少數政府」下行政院長已全然成為總統的幕僚長或政策代理人，因此在決策上的自主性降低（周育仁 2000, 4），不論是民進黨立委向總統靠攏，或是總統主動拉攏黨籍立委，政院與各部會在結盟體系上「雨露均霑」實屬自然，但也顯示黨籍立委與政院、部會的結盟關係，不過是與總統結盟關係的一環。不過，縱然聽命於總統，但在決策執行上，行政部門仍直接掌握行政資源，因此民進黨立委自然樂於與行政院及個別部會結盟。就政院與部會而言，為求政策推的順利，反制在野黨在立院的杯葛，也需要民進黨立委適時為其「出頭」辯護，反過來，民進黨立委也希望透過與部會合作，擴大其支持基礎，增加其選區利益。
黨中央也是民進黨立委結盟對象之一，但民進黨立委與黨中央結盟的態勢並不強。在在野時期，除了做為選舉機器外，黨中央一直是各派系利益與權力的競技場，黨中央的政策常決定派系勢力的消長，但在陳水扁當選總統後，派系的實力強弱轉而取決於距離決策核心的遠近、取得行政資源的多寡、乃至國會席次多寡等因素，黨中央逐步喪失「競技場」的地位與協調能力。特別是陳水扁總統在握有行政系統後，扁系人馬大量進入行政部門任職，黨中央角色迅速被弱化為單純的政策辯護者以及有限的協調者角色，黨並未因執政而相對成長、茁壯，黨中央也未能從選舉機器的蛻變為強有力的支持後盾，在派系傾軋的現實下，充其量只剩立委提名與黨紀兩種拘束力量，導致黨中央若與總統或行政部門意見相左時，民進黨立委常「倒打一耙」表示對總統或部會的支持。
民進黨立委也非不會與其他在野政黨立委結盟。以美國國會來看，不同政黨也會因對某議案有相同看法而形成跨黨派的聯盟，這些聯盟的建立多依議題而定，若議題變換聯盟也可能隨之瓦解或重組，有時候這些聯盟能保持一段時間的團結與穩定，以致於他們可以無視於黨的領袖的意見，甚至阻止總統和其政府達到他們的目標，其中最著名的就是由南方民主黨人組成的保守聯盟(conservative coalition)，當甘乃迪與詹森的民主黨政府握有兩院時，保守聯盟的作梗卻使部份公民權法案無法通過。
因此在極少數的情形下，民進黨立委也會選擇與在野黨立委結盟，此一結盟關係且和總統－黨籍立委的結盟關係相互抗衡。主要包括三種情形。第一類是議題取向，議題取向的結盟主要視議題、選區、支持者屬性而定，黨籍並非絕對的決定因素。例如部份民進黨立委因選區選民壓力而支持兩岸儘快三通，也有民進黨立委認為政治穩定有賴組成聯合政府，而這些多半是在野黨所提出的主張。第二是獲取關鍵少數。在罷免案推動如火如荼之際，即傳出民進黨立委與無黨籍立委，甚至在野黨立委接觸以爭取「不連署」。在此一層次上，黨籍成為重要考量之一，因此民進黨立委爭取合作的對象多屬無黨籍立委，其次才是國民黨本土派立委與親民黨立委。第三是省籍與意識形態。民進黨在立院雖居於少數劣勢，但受限於省籍（多為本省籍）、意識形態（台獨或台灣優先，福利國家觀念），因此在有關統獨或兩岸之類的議題上與國民黨本土派的立委常有一致的立場，而在關懷弱勢的議題上則有傾向與親、新兩黨合作的情形。
民進黨立委與總統結盟關係的演進
民進黨立委與總統結盟關係的強化，主要是唐飛下台，「全民政府瓦解」，少數政府上路的客觀形勢逼迫總統改善與黨籍立委關係，從而使黨籍立委決策角色的擴大；而全民政府的結束也降低派系立委在權力運作上的矛盾，黨內紛認為民進黨真正執政的時代已經來臨，觀念上的轉變也促使不同派系的黨籍立委更容易採取一致立場。
1.唐飛下台前的行政立法結盟：派系協商的共治生態
在美國，總統的權力雖由憲法明定，但其潛在權力卻可能因說服國會、取得支持而改變。另一方面，總統會為了某些目的提供一些利益給議員，例如侍從主義式的政治恩庇，或支持該議員所出身州或選區的聯邦政府支出，因此，除非有很強的理由逼迫議員反對，否則議員很自然會依黨的指示，也就是服從總統在政策上的決定。
然而對於民進黨而言，「派系共治」可謂隨黨成長、茁壯所發展出來的一種特色，儘管陳水扁領導的「正義連線」隨著陳水扁台北市長四年任期而逐漸成長，三一八勝選後更躍居黨內最有權力的派系，但與新系相對比較下，並非最為團結，在立院席次也非最多，因此儘管陳水扁上台，但「派系協商」的傳統特色仍舊主導決策運作，使陳水扁在新手上路除面臨在野黨威脅外，仍得面臨黨內派系夾擊。為此，為求派系和諧以做為執政後盾，為扁政府思考行政、立法結盟關係的第一步，以正義連線為首的立委在立院倡議組成「主流聯盟」，但「主流聯盟」一路走來，不斷受到新系立委的質疑與挑戰，並以行政院長唐飛做為標靶，目的是挑戰「全民政府」。
五二○後，在「全民政府」體制下，閣揆唐飛與許多部會首長仍為國民黨籍，民進黨立委抱怨，不知如何幫唐飛護航，為政策辯護，甚至在八月間黨秘書長吳乃仁出面批評唐飛時，部份黨籍立委還予以火上加油，與當時陳水扁宣稱「力挺唐飛」立場上並不一致，問題之一在於當時黨籍立委認為根本無法在決策體系中佔有一席之地，且總統府與立委間，只有藉黨內召開，徒具形式的「黨政協調會報」作為溝通協商的管道，其本質仍為派系協商，做為總統，且在黨內最具實力的陳水扁，在政策推動上也常受到黨內的質疑與挑戰。
2.少數政府面臨挑戰，扁以決策參與「交換派系」共主地位
唐飛下台後雖凸顯民進黨政府在行政體系與國會席次上的雙重弱勢，但新系不願支持「全民政府」的理由也跟著消失。在新人事部局上，扁以曾六連任立委的張俊雄為閣揆，並將新系領導人之一的邱義仁從國安會副秘書長轉任行政院秘書長，以發揮其溝通長才，負責立法、行政兩院協商的第一線角色，再配合新系的立院幹事長彭紹瑾，代表陳水扁已認同新系「少數政府」仍能有效運作的權力邏輯，從而強化其強化協商，釋出決策空間的意願。另一方面黨內對新系長期以來有意「奪權」的批評也因少數政府上路相對降低，派系間除了零星言詞角力外，也較以往和諧，與總統府配合上較不會意見紛歧，而陳水扁以決策空間做交換，加強黨籍立委支持行政部門的意願，形成所謂「阿扁執政，新潮流協商」的規矩，陳水扁「派系共主」地位也大勢底定。
強化結盟的關鍵之一是核四爭議爆發後出現罷免總統的聲音，而國、親、新三黨也因罷免案組成在野聯盟，並在後續對重大政策採取有條件、但無限度的杯葛政策，迫使總統與民進黨立委強化結盟關係。陳水扁此時終選擇順應黨內壓力，成立「九人決策小組」以進一步開放決策管道的方式收攬人心，並試圖以此祛除民眾對於「童子軍治國」的疑慮。
一方面總統需要民進黨立委在立院的協助，包括罷免是否排入議程、相關法規修訂、運作撤簽連署等攻防，以渡過下台的危機；另一方面民進黨立委也樂於協助總統，除了回報總統的「面子」外，實質不僅可取得參與決策的權力，配合總統多少也能累積所需要的知名度、媒體曝光度、社會形象，有利於立委本身的民意支持度與選情，雙方有高度合作的基礎。「九人小組」成立的基礎在於陳水扁並不願罷免案成案，也不願向在野聯盟妥協，因此企圖集中少數政府與國會少數的力量，納府院黨為一體，成為「扁核心的集體決策機制」，此外陳水扁也頻頻與黨內立委溝通，期勉他們在反罷免上能有進一步作為，包括策反在野聯盟、爭取無黨籍立委不加入連署等，策略與動作的同步明白表示總統與黨籍立委的結盟關係的加強，同時也宣告「聯合政府」已是昨日黃花的構想，甚而因此導致主張聯合政府的前黨主席施明德被迫出走。其後在總預算案、工時案等重大法案上，民進黨立委的表現均不遺餘力，與總統府站在同一陣線上。
結論：
由核四案所引發的憲政僵局，經過大法官會議解釋後，並未得到立即有效的解決，未來是否能化解，仍有賴朝野間是否能妥協，在國、親、新三大在野黨仍將權力重心置於立法院時，民進黨立委的角色，乃至總統－立委聯盟的角色就不能輕忽。事實上，陳總統也對黨籍立委強調，立法與行政部門的關係猶如人的雙腳，儘管有先後，但一定要平衡、合作，才能走得穩健，路才能走得更遠，因此未來將繼續加強立法、行政部門、黨團互動協調，讓政策推動更有效率，他也稱讚衷心支持他的立院黨團說，儘管在國會居於少數，法案推動無法盡如人意，但「黨團用心與堅持，人民都清楚地看到了」。
展望未來，民進黨立委扮演總統－立委聯盟的前鋒將愈來愈稱職，此一共生關係也將凌駕派系利益的衝突，立院民進黨團向有「內部分裂、外部團結」的特性，未來也將在陳水扁「派系共主」的號召下，繼續以小搏大，與在野聯盟相抗衡，「為阿扁服務」。其次，「九人小組」也將成為少數政府行政指導立法，以及阿扁羈糜黨籍立委向心力的重要機制，重要性逐漸提昇。再者，雖然民進黨立委僅佔立院三分之一，無法主導議事運作，對在野黨的杯葛也無能為力，但就分化在野陣營、為政策辯護等的外圍作用而言，仍將是阿扁不可獲缺的忠實伙伴。最後，陳水扁在取得「派系共主」地位後，因黨籍立委在行動上的效忠而強化對整個行政部門的主導性，成為有實力的「共主」，因而加強陳水扁「不甩立院」、「不願協商」的決心，從而整個政治權力運作上，或有可能出現向行政傾斜，使陳水扁能夠以少數的姿態，在其權限與一定的預算範圍內，達成「有效治理」，推動重大政策的目標。
但總統－立委聯盟是否足以對內撫平所有派系間的衝突？對外以柔軟身段與在野黨達成妥協，化解僵局？答案恐怕是悲觀的。就內部派系衝突而言，陳水扁雖漸成為「有名有實」的「共主」，然而隨著立委黨內初選與年底大選的來臨，派系間很難不因提名席次分配等現實利益發生衝突，諸如被視為陳水扁團隊「重要幕僚」的文建會副主委羅文嘉、研考會副主委游盈隆宣告投入選戰，即引發黨內部份立委微詞。另一方面，就朝野關係而言，核四爭議所引發的朝野對立、憲政僵局仍懸而未決，而陳水扁黨內或可享有「派系共主」的權力與榮耀，但在朝野間要被尊為公正的「天可汗」幾乎不可能，因此隨著民進黨總統－立委聯盟的逐步團結，恐怕也將使在野政黨進一步凝聚力量，在立院競技場的法案攻防上，以多數優勢「痛擊」扁政府，僵局不但無從化解，反倒有進一步深化的可能。
因此，就算以陳水扁為首的民進黨行政－立委聯盟看來相當團結，但再團結也只是少數，難以主導任何政策，憲政僵局與朝野對立依舊。而化解的唯一可能，只有倚靠彼此各退一步，相互妥協，目前看來則只有三種出路，而都困難重重：其一是陳水扁開誠佈公召開國是會議，放下身段邀請各黨派參與，主動尋求修改憲政體制、乃至尋求各項政策社會共識的可能；其二是由在野黨跳脫選舉的現實利益思考，主動提出不信任案，逼迫陳水扁政府解散國會，重新改選並組閣以建立憲政慣例；第三是由立院針對各種議題朝野協商的過程，尋求擴大跨黨派結盟的可能性，形成穩定多數的立法聯盟，從而建構完成的執政聯盟。
目前觀之，分裂政府的憲政僵局在年底立委選舉似無破解跡象，一場大賭局仍在持續，也無人願意做「小雞」。在總統逐漸操控民進黨籍立委準備「蠻幹」後，在野黨考量到倒閣將面臨倉促改選，對自己不見得有利，也只有選擇杯葛到底，雙方要達成和解，取得共識以結束僵局遙遙無期，可以預見將造成行政部門政策推不動、改革無望，立法部門議事效率不彰、形象大壞，而人民感受政治不安、社會經濟不振的「三輸」局面，造成整個台灣的損失。相對於執政黨的相應不理，在野黨唯有扮演好反對黨角色，繼續嘗試與執政黨溝通，並主動爭取多數民意支持，是非留待年底選舉時見真章，以民意來化解憲政僵局。另外，可以想見的是，大多數人民在年來飽嘗少數政府跌跌撞撞之苦後，也將響起「多數聯盟組閣」的呼聲，此一目標以及背後所帶來的政治穩定，也將成為在野黨候選人競選時的主要訴求，以及政黨結盟的主要考量。
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