一、爭議焦點：
1. 對於停建核四，是否違憲。有關之違憲爭議，為憲法第五十七條、增修條文第三條。謹附如下：
中華民國憲法第五十七條
行政院依左列規定，對立法院負責：
一行政院有向立法院提出施政方針及施政報告之責。立法委員在開會時，有向行政院院長及行政院各部會首長質詢之權。
二立法院對於行政院之重要政策不贊同時，得以決議移請行政院變更之。行政院對於立法院之決議，得經總統之核可，移請立法院覆議。覆議時，如經出席立法委員三分之二維持原決議，行政院院長應即接受該決議或辭職。
三行政院對於立法院決議之法律案、預算案、條約案，如認為有窒礙難行時，得經總統之核可，於該決議案送達行政院十日內，移請立法院覆議。覆議時經出席立法委員三分之二維持原案，行政院院長應即接受該決議或辭職。
中華民國憲法增修條文第三條
行政院院長由總統任命之。行政院院長辭職或出缺時，在總統未任命行政院院長前，由行政院副院長暫行代理。憲法第五十五條之規定，停止適用。
行政院依左列規定，對立法院負責，憲法第五十七條之規定，停止適用：
一行政院有向立法院提出施政方針及施政報告之責。立法委員在開會時，有向行政院院長及行政院各部會首長質詢之權。
二行政院對於立法院決議之法律案、預算案、條約案，如認為有窒礙難行時，得經總統之核可，於該決議案送達行政院十日內，移請立法院覆議。立法院對於行政院移請覆議案，應於送達十五日內作成決議。如為休會期間，立法院應於七日內自行集會，並於開議十五日內作成決議。覆議案逾期未議決者，原決議失效。覆議時，如經全體立法委員二分之一以上決議維持原案，行政院院長應即接受該決議。
三立法院得經全體立法委員三分之一以上連署，對行政院院長提出不信任案。不信任案提出七十二小時後，應於四十八小時內以記名投票表決之。如經全體立法委員二分之一以上贊成，行政院院長應於十日內提出辭職，並得同時呈請總統解散立法院；不信任案如未獲通過，一年內不得對同一行政院院長再提不信任案。
國家機關之職權、設立程序及總員額，得以法律為準則性之規定。
各機關之組織、編制及員額，應依前項法律，基於政策或業務需要決定之。
2. 對於停建核四，是否違法。涉及預算法之統一解釋問題。相關法律為預算法第七十一、八十八條。
預算法第七十一條
預算之執行，遇國家發生特殊事故而有裁減經費之必要時，得經行政院會議之決議，呈請總統以令裁減之。
預算法第八十八條
附屬單位預算之執行，如因巿場狀況之重大變遷或業務之實際需要，報經行政院核准者，得先行辦理，並得不受第二十五條至第二十七條之限制。但其中有關固定資產之建設、改良、擴充及資金之轉投資、資產之變賣及長期債務之舉借、償還，仍應補辦預算。
公務機關因其業務附帶有事業或營業行為之作業者，該項預算之執行，準用前項之規定。
二、評估依據：
大法官提出九大審查重點，請三機關代表陳述意見，這九大問題分別是：
1. 本件（興建核四）預算案所涉及的事項，在八十五年五月二十四日立法院依憲法移請行政院變更，後來經行政院依第五十七條第二款屬「重要政策」為由函請覆議，目前行政院是否認為本案己不屬於憲法所稱的「重要政策」或「重要事項」？
2. 聲請憲法解釋的疑義及爭議何在？
3. 聲請統一解釋須適用法令與他機關適用同一法令見解有異，請具體說明發生歧異的情形。
4. 行政院對於立法院通過的重要政策或重要事項並己編列預算，可否直接不予執行？
5. 行政院的停建核四決策，有無通知立法院或向立法院提出報告的義務？
6. 行政院停止興建核四電廠，不再執行預算，是否違憲、違法？
7. 停止興建核四電廠後，可能發生的賠償問題，如何因應？
8. 以往有無類似本件預算未予執行的事例？如何處理？
9. 本件預算及決算的性質為何？與公務機關預算有何不同？又何謂財政上之不法或不忠於職務的行為？不執行法定預算是否屬之？
三、大法官要求說明重點分析
1. 從大法官九大說明重點第三點觀之，可發現大法官認為本案性質上並非統一解釋之問題。因為大法官要求行政院具體說明與何機關發生何種歧異。就行政院與立法院對於法律發生見解不一之情形時，是否為統一解釋所謂的「機關間對於適用法律發生歧異」，大法官採取之立場應屬否定，故要求行政院須具體提出說明。由於行政院與立法院對於法律本文之解釋歧異時，基於立法院為立法者有權解釋之立場，實無法認為有發生歧異之可能，應以立法院之解釋為準。因此，關於統一解釋部分，大法官會議應不會受理。
2. 從說明重點第一、二點，大法官認為本案可能有違憲問題，且此一問題與憲法第五十七條及增修條文第三條。
3. 從說明重點第一、四、五、六，可觀察大法官解釋本案之思考脈絡。
(1) 大法官嚴分「重要政策或重要事項」與「預算案」。屬於「重要政策或重要事項者」，原依憲法第五十七條得提起覆議案。但依增修條文第三條，對於「重大政策」窒礙難行時，已不能提覆議案，最多只能依增修條文第三條第二項第三款「不信任案」之程序進行倒閣。如為「預算案」，則有「覆議」問題。
(2) 針對既屬「重大政策、重要事項」，又屬預算案者，大法官則質疑其處理程序，故提出說明重點，要求說明是否行政院得逕予不執行。若得逕予不執行，其性質接近「重大政策、重要事項」，只能循「不信任案」處理，若不得逕予不執行，則性質接近「預算案」。此一部分亦可能涉及「區分理論」。
(3) 就行政院之報告義務，涉及認定重大事項之標準，亦涉及執行預算是否違法之問題。
(4) 就第六點，停止執行核四預算，是否違憲違法？足見大法官對於本案抱持著分裂思考之態度。亦即，雖認為在憲法上「重大政策、重要事項」與「預算案」各有不同處理程序，但單純不執行核四預算，是否程度上已達違憲或違法？還是必須宣布停建核四始達違憲或違法？由此觀之，大法官認為，停建核四與停止執行核四預算，顯有不同。
4. 說明第七點，主要已不在於違憲與否之爭議，而在於個案之利益衡量問題。由於核四違約不僅可能損及國家形象，並且涉及數百億元之賠償，對於國家利益之損害極大，是故，對於此一情況特殊之個案，為維持社會秩序或增進公共利益，需有特別考量。
5. 說明之八、九點，為要求審計單位說明之事項，主要仍在釐清「預算不執行」之效力、附屬單位預算性質之特殊性及是否有違法之問題。此部分之意見，因來自非本案爭議機關之審計單位，具有極高之參考價值，故大法官在認定事實時，可能較能接受審計機關之意見。
四、各機關之立場：
行政院之立場，認為依大法官第三九一號解釋，預算案不同於法律案，僅屬「授權」性質，故行政院對於如何執行預算具有裁量權，主張「不執行預算合憲合法」。
立法院之立場，認為依增修條文第三條之明文，預算案之拘束力等同法律案，行政院必須覆議。且核四預算為重要事項，必須向立法院報告，否則極有可能造成行政獨大，違背權力分立原理。故主張「不執行預算違憲違法」。
審計部之立場，則認為確有前例，且國營事業依「中央政府附屬單位預算執行要點」，可專案停辦或緩辦，故其不執行預算未必違法。但審計部亦指出，執行預算不力，依法仍應負責。
五、釋憲可能方向分析
就上述大法官之說明重點分析，大法官之釋憲可能方向為：
1. 不違憲亦不違法：
若認為本案屬單純「重大政策或重大事項」，行政院之不執行核四預算，自屬制訂政策之政治行為，根據現行增修文，已無覆議餘地，不違憲，僅生「不信任案」之問題。
大法官亦可能認為行政院有充分之裁量權，其不執行預算並不違憲，亦不違法。此一結論為行政院所力主。
2. 不違憲，但不適當：
行政院雖不違憲，但由於本案牽涉重大賠償問題，行政院未與立法院就此重大賠償問題進行報告即不執行預算，程序上不適當。
3. 不違憲，惟仍屬違法：
主張本案並非單純「重大政策或重大事項」，行政院雖不違憲，但就預算部分，仍有依法行政之義務。既有執行預算之可能，而故不執行，為財政上之不法或不忠於職務的行為，自屬違法。作成此一解釋之前提，在於承認行政院對於執行預算與否有裁量權，惟其裁量有違法或不當之處。
4. 違憲
基於增修條文第三條，行政院對於預算案，如有窒礙難行之處，應提起覆議。既未提起覆議而逕予不執行，自屬違憲。作成此一解釋之前提，在於認定預算案具有「法律效力」，違反預算案即屬廣義之「違法」。
六、解釋結果評析及預判
目前大法官對於本案的解釋結果，媒體由最早的（八十九年十二月二十二日晚報）報導司法院祕書長楊仁壽談話，推論大法官將會作出「不違憲」的解釋；但至今年一月初，各報則報載大法官將會作出「違憲但對於是否應進行興建採模糊語氣表達」，如同對副總統兼任行政院長的釋字四一九號解釋相同云云。
對於上述媒體的推測，據瞭解，目前司法院大法官嚴守祕密，甚至一月十日下午之審議地點亦不在司法院內，可知保密之嚴密。但綜合釋憲正反學理，個人研究幾位主要大法官的一貫見解，預測可能會採取「違憲」之結論。理由大致如下：
一、 大法官可能採行「停建核四乃違憲」：
1. 大法官很可能依據責任政治的原理，以及行政院向立法院負責的憲法規定，確定對於立法院通過核四興建之決議必須遵守。
2. 核四興建之預算案，既然已在民國八十五年經過覆議程序獲得確認，即有法定的拘束力，不能加以變更或移請再覆議。尤其是此乃跨年度之預算，而非本年度新提起之預算案，即無提起覆議之問題。
3. 對於預算案是否如同法律案一樣，即釋字三九一號解釋所謂預算案乃措施性法律之問題，大法官大概會認為是學理爭議，稍加修改第三九一號解釋。同時，大法官可能會對預算案的拘束力認為預算案能有部分屬於行政裁量之授權；但是，為執行重大政策，且經過立法院覆議程序表決後之預算案，則不再視為「純粹的行政授權」。因此，行政院不能夠拒絕執行該預算，亦即，很可能會引用行政法的「裁量限制說」。
4. 對於興建核四是否重大問題，大法官似乎會認為乃純粹的政治問題，本不應由大法官來決定；但本案已不是要求大法官來解釋核四是否興建之問題，毋寧是立法院及行政院早在民國八十五年已將興建核四視為「重大政策」，故大法官只是承續討論這個決策所引發的違憲問題。因此，大法官可能只會在這點上（即認定該否廢核不是大法官之職責）採取模糊的立場。
5. 至於此次停建核四的決定是否符合預算法第七十一條之「情事變更」要件，恐怕大法官也會如同是否廢核的政策一般，不列入其職權之內；更何況，本案行政院的停建核四並未如預算法第七十一條的透過總統以命令裁減之程序，大法官也可能指出此點。
6. 行政院代表主張此停建核四乃重大政策，依現行增修條文第三條已無由立法院提起覆議之可能，所以立法院無由反對。關於此點，大法官可以認為本案涉及乃預算案的拘束力問題，且本案早經民國八十五年的有效憲法規定提起過覆議，且不能再提覆議，故已有實質的憲法基礎，所以，行政院代表以現行法的規定，無法產生溯及既往的效力。
二、 大法官會否採行「模糊性違憲」的決定？
1. 媒體有認為大法官會作出行政院為停止核四的程序為違憲，而應交由立法院重新議決，但這種立論乃是認為行政院可以決定不續建核四且可以退回立法院通過的預算案，但本案行政院未透過此途徑即片面宣布停建將會侵犯立法院的預算權，以及日後賠償金的支出，也會牽涉到國家財政的負擔。因此，會要求立法院與行政院從速檢討本案。
2. 如果大法官作出此號解釋，同樣的必須援引上述違憲論的諸項主張，來佐證之。因此，其所差異者，僅是要求行政、立法兩院重新互動而已。因此，這種解釋亦極為明確，並非模糊性的違憲決定。
三、 大法官如採行「合憲」決定：
1. 大法官採行「合憲」決定的可能性似乎不高。主要理由在於大法官解釋在近十年都對於維護「責任政治」及「民主理念」有相當高的使命感。例如，針對國大延任的四九九號解釋即是一例。
2. 萬一大法官採行此不智的決定，在野黨應立即召開修法會議，藉著制定例如「核能電廠興建管理法」，將目前興建的核四電廠及已營運的核一、二、三電廠的管理及將來的廢止（訂立落日條款）等事項規定在本法內，來賦與核四繼續興建的法律基礎，同樣可達到繼續興建核四的目的。
3. 如停建核四為合憲時，在野黨提出「倒閣」時，可能會導致國會解散，此時民進黨即有「合憲」理論作盾牌，在野黨在宣傳上的立論會處於不利狀態，故此時採行倒閣之政策，實宜三思。不如採行上述2的立法為宜。
