「跨黨派小組」未獲國、親兩黨背書未來政策主導權將落入立法院多數黨手中而非總統府。
總統府「兩岸跨黨派小組」設置要點，己於日前奉總統核定，並指派李遠哲院長擔任召集人。總統府秘書長張俊雄強調，小組位階與國統會相同，惟國統會將繼續設置與運作。為因應總統府此一決定，立法院多數黨國民黨決定提案設立「立法院大陸政策與兩岸事務因應對策小組」，要求國安會秘書長與陸委會等機構在決策前先與小組進行磋商，並在決策後提出報告。
總統府到底有無必要成立「兩岸跨黨派小組」？該小組成立後，國統會恐將名存實亡，否則實無必要另設該小組。陳總統是少數總統，卻刻意以全民總統自居，先成立跨黨派全民政府，現在又要成立跨黨派兩岸小組，此顯然是要拉在野黨為其兩岸政策背書。惟由於與民進黨的大陸政策有明顯差距，國民黨己決定該黨黨員不得以個人身分參與該小組，親民黨恐怕也不見得會參與，最後的結果，該小組成員大概只會涵蓋民進黨藉與無黨藉人士。依其定位，「兩岸跨黨派小組」只是總統的諮詢機構，不可能擁有實權，最後決定權還是在總統手上。依過去經驗，咸認兩岸政策是由總統主導。陳總統試圖主導兩岸政策，亦無可厚非。然而，問題是總統真的對兩岸關係具有絕對主導權？過去李登輝總統能夠全面主導大陸政策，是否表示現在陳總統也能主導？答案恐怕是否定的。李總統之所以在兩岸關係上一言九鼎，是因為他是立法院多數黨黨魁，該黨又是一元化領導的政黨，是以主席在黨內具有至高無上的權威與地位，進而得以主導立法院之決定。
在李總統時代，行政權與立法權合而為一。目前行政權由立院少數黨掌握，立法權卻是由立院多數黨主導，出現行政權與立法權分力與對立的狀況，明顯不利於總統施展權力。由於此一結構性的限制，陳總統乃亟思成立超黨派小組爭取在野黨的支持，但由於在野黨並不願為陳總統大陸政策背書，此一小組恐無法發揮其所預期之功能。更有甚者，如果由國民黨所主導的「立法院大陸政策與兩岸事物因應對策小組」能成立，或是成立兩岸關係委員會，在總統無法掌握立院多數席次的情況下，不但得以監督政府相關政策，大陸政策的主導權死怕更將會轉至立法院多數黨手中，如果國民黨與親民黨透過立法院將國統綱領加以法制化，通過國家統一政策相關立法，總統能拒絕執行或背導而馳？總統就算想以覆議方式加以否決，也會因為無法掌握立院過半數席次，以致功虧一簣。
就現階段而言，主導兩岸政策的恐怕是立法院，而非總統府，很多人以為總統直選後總統權力就會變大，更以為總統任命行政院院長不須立法院同意後，制度就會趨向總統制，然而以現今行政院己幾乎淪為立法院行政局，以及總統無力主導各項政策來看，上述看法顯然是有問題的。全民政府成立以來的經驗顯示，不管大家喜不喜歡立法院，恐怕都無法否認立法院才是我國政治運作中心的事實。就此而言，行政部門顯然應由立院多數黨主導，如此行政權與立法權方能合而為一，也才符合責任政治的原則。
