一、兩法併案進行審查
中央研究院為我國最高學術研究機關，自民國十七年成立以來，對於國家學術研究之推動具有相當之貢獻。但近些年來國內外科技發展日新月異，中央研究院研究領域不斷擴展與變遷，中央研究院為突破未來發展之瓶頸，爰大幅修正該院組織法。又李委員慶華等四十三位委員則以中研院組織結構疊床架屋，行政運作僵化，有礙該院推動學術研究為由，提出中研院組織法部分條文修正。行政院提案與李委員慶華等之提案，最大之差別，在於前者為通盤修正案，後者則為部分條文修正案；前者維持院士會議、評議會、院務會議之架構及區隔，後者則取消評議會，在院士會議、院務會議之外，另設行政會議。據瞭解立法院法制委員會近期已先後兩次排定會議進行審查，一次因出席立委人數不足流會，另一次則進行詢答後因發言委員意見分歧，尚未能夠開始逐條討論。
二、具體條文研析意見
茲就兩種版本加以比較，並嘗試提出以下意見，藉供各界參考：
(一)行政院版第二條，建議刪除第四款「培養高級學術研究人才」。因中研院應以學術研究為本業，培育研究人才則屬大學之功能，二者本不應混淆;其次各大學亦可透過外籍研究生之招收，達到開放教育邁向國際之目的，實毋須將有限資源重複浪費。
(二)行政院版第三條，置「副院長二人或三人，特任或聘任」乙節，按副院長係襄助院長處理院務，除學術副院長外，亦有行政副院長，如欲借重學術界之俊彥，採聘任制度即可達到目的，似不必併採「特任」。又此特任和該院秘書長職務列簡任第十三職等至第十四職等，其間顯有相當落差，亦可窺知副院長特任確有偏高之嫌。
(三)行政院版第四條，有以下幾點值得思考之處。其一、本院置院士「若干人」，有無必要訂出具體名額，以免院士人數無限制膨脹。其二、院士是否應訂有任期，按地位崇高者如大法官、考試委員等，皆有任期制度，院士似不宜有所例外。否則院士人數日增，「一日為院士終身即為院士」之現象，並不妥適。其三、現有院士中，頗多長期旅居國外且具有外國國籍者，實不符「就全國學術界研究成績卓著‧‧‧選舉之」內涵；換言之，該等院士應依第六條，對外國學者專家於學術上有重大貢獻，得被選為名譽院士之規定處理。其四、人文組宜更名為「人文及社會組」，此一方面和中研院現已設有歐美研究所、中山人文社會科學研究所、社會學研究所之事實現況相符;二方面彰顯對社會科學加以重視，亦符學術均衡發展方向的本旨切合;三方面更可因為院士組別之調整，而使社會科學方面亦有適量院士產生，打破過去數理、生物背景者壟斷院士名額，人文及社會科學屬於弱勢的不良現象。
(四)為避免組織疊床架屋，贊同李委員慶華版刪除有關評議會之規定，其職掌可分由院士會議及院務會議掌理。
(五)行政院版第十條第五項文字過於冗長，一般亦無此立法體例，建議第五項刪除，並在第六項院務會議審議事項中增加一款「本院各項法規」即可。
(六)行政院版第十一條有關國際研究生學院部分，建議刪除，理由同(一)。
(七)行政院版第十三條，將通信研究員修正為名譽研究員乙節，按通信研究員原即無法發揮太大作用，改為名譽研究員以後，酬庸性質更加濃厚。對中研院而言，有無必要將神聖的學術桂冠作為人情世故的手段工具，有待審慎考量。
(八)行政院版第十條，有關院務會議之組成，其中選舉產生之研究人員代表部分，宜參照李委員慶華版第十條之文字，設定一最低比例限制，以擴大內部參與，提昇院務民主化之要求。
(九)行政院版第十六條，將中研院所設之各種委員會詳細列舉，一方面文字冗長，另一方面部分委員會功能不明，依一般立法通例似可改為「本院為因應業務需要，得設各種委員會，分別辦理相關事項。所需工作人員，應就本法所定員額內派充之。」
(十)行政院版第十七條第四項，「社」字額係贅字，應予刪除。
(十一)行政院版第二十二條「人事查核事項」似為舊立法體例，宜予刪除。另應考量實際業務需要，評估有無增設政風室之必要。
(十二)行政院版第二十八條有關秘書處處長十總務處處長皆屬行政職，宜否由研究員兼任，宜再斟酌。
三、組織合理行政民主
中央研究院組織法為該院之基本大法，該院訂定各種行政規章亦以本法為根據，因此組織法之修正允宜從前瞻性的角度，期能使組織內部之調整趨於公平合理。另政治民主化以後，行政亦應同步民主化，因此院長、副院長以及各研究所所長，建立任期制度，以及院務會議代表中增加民選研究人員代表等，皆是可以努力的方向。換言之，組織合理化與行政民主化，應是中央研究院組織法修訂之主要思考主軸。
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