台北高等行政法院3月1日裁定：中科三期因未進行第二階段環境影響評估、濫用環評機制，基於權利保護規定、公私利益及環境保護等因素，認定有暫時權利保全的急迫性與必要性。因此裁定「在審理中的99年環評撤銷訴訟案判決確定前，中科三期環評審查結論及國科會核發的開發許可，均應暫時停止執行」。法界人士則評估，最高行政法院該審理中的環評撤銷訴訟案，終極判決可能需要費時一年以上。由於中科三期園區已有廠商進駐設廠或量產、影響廠商權益，也有損政府行政決策的威信以及對於人民應有的信賴保護原則，事態極為嚴重。環保署已表示針對停工的裁定「會提抗告」；國科會則表示配合提抗告，廠商營運不受影響，公共設施及共同管線工程會先停工。
本項中科三期的環評結論撤銷爭議事件，始於95年7月環保署於一階段環評即「有條件」通過環評審查，未要求開發單位進行第二階段環評。當地居民與環保團體不服審查結論，認為開發案對居民健康有顯著不利影響，應撤銷行政處分而於95年8月提起訴願、96年4月向台北高等行政法院提「撤銷原處分」訴訟；96年6月訴願被駁回，但97年1月台北高等行政法院判決，訴願決定及原處分均撤銷。環保署自認中科三期開發案「已完成」環評審查程序，所以原開發許可不當然無效；原許可之行政處分，應由目的事業主管機關依行政程序法規定處理。
台北高等行政法院認為，依環評法規定，第一階段環評只是環境影響說明審查，重大影響之深入環評於第二階段才夠完整。而中科三期七星農場營運初期污水將就近排放到園區北側，對農民灌概、居民用水，有相當影響，且未進行健康風險評估，判決環保署敗訴。環保署不服判決，97年2月向最高行政法院上訴。99年1月21日最高行政法院駁回環保署上訴，中科三期環評結論撤銷遂告確定。惟99年2月25日環保署再向最高行政法院提請再審之訴。
另外，於99年8月3日台北高等行政法院再公告「中科三期在通過環評審查前，必須停止執行開發許可」之裁定；環保署立即抗告，並於8月31日召開審查小組會議，審查健康風險評估補正資料，宣布有條件通過環評審查。9月2日最高行政法院駁回環保署抗告。但環保署自認「新的環評審查結論出爐後，假處分及停止執行命令的原因已消失」而不予理會；今年1月21日附近居民及環保團體再度向台北高等行政法院聲請「撤銷環評審查結論、開發許可，並聲請暫時停止執行」。台北高等行政法院日昨再次做出裁定。
環保署環評委員會審查結論，面臨司法判決的挑戰是一項非常嚴峻的情事。行政院雖然已經由副院長出面緊急召集國科會、環保署商議因應對策與作為；但不論如何提出因應策略，都已經予民眾有環保主管機關雙重標準、便宜行事、輕放開發單位規避環評規定與重要程序的印象；法院是在維護環境正義及依法行政的效力。為今之計，行政院應該是要求開發單位儘速進行「第二階段環評」，依法規完成應有的環評程序，才能維護環境影響評估制度、平息開發案的紛紛擾擾。否則，就只能「壯士斷腕」以遷就現實，廢止或立即修訂《環境影響評估法》規定；但此應是屬不智下策的「零分」方案。