「國家機密保護法」是建立一套對「國家機密」認定、保護、保存及管理的程序，而該法第一條揭示了立法之目的，正是「為建立國家機密保護制度，確保國家安全及利益，特制定本法」。令人覺得反諷的是，儘管「國務機要費」案中聲稱涉及了機密外交，而機密外交在實質上又顯然應屬「國家機密」，但這項已實施幾年的機密，目前卻仍只存在於陳總統一人的腦袋之中。換言之，就算實質上應屬「國家機密」的外交機密，但由於陳總統並未依照「國家機密保護法」行事，使得「國務機要費」案所涉及的秘密外交只屬陳總統的「個人機密」，而尚欠缺得以成為「國家機密」的構成要件。
報載陳總統的「御用」律師顧立雄曾在法庭上提出一項主張，認為陳總統在接受檢察官陳瑞仁偵訊時，已將本來沒有形諸於文字的機密外交工作，透過檢察官偵訊而形成偵訊筆錄變成紙本。因此，若檢察官認為這紙本所載內容涉及國家機密，便有職責依「國家機密保護法」的規定請求核定機密的等級，而使之成為「國家機密保護法」規定的機密文件。顧律師的此一法律主張，用在屬於「治國」層次的國家機密保護制度上，則未免太過於凸出了「律師性格」。從行政管理層次來看，擁有將機密外交事項請求核定機密等級職責的人，僅為依職權或依授權而承辦某項機密外交者，而檢察官及法官的職權為訴追及審判，又何來請求核定涉及秘密外交事項之機密等級？再者，儘管陳總統從事秘密外交時為「單線領導」，但此一關乎國家安全及利益的任務，又是以國家的預算來執行，陳總統便有職責自行核定機密等級而列入管理，以使該國家機密在未來得有依法解密的一天。
進一步言之，檢察官和法官基於法定職權，都無權從實質上認定秘密外交是否屬於「國家機密」？而只能從「國家機密」核定程序之形式要件上，推定由權責機關認定的資訊或事務，在實質上即屬於合法的「國家機密」。也因此，顧立雄提出檢察官應將訊問陳總統所得的機密紙本，再請求陳總統核定機密等級的主張，顯然誤把檢察官當成負有辦理機密外交的權責機關，而這才是一種違反憲法分權規定的見解。
事實上，從「國家機密保護法」的整套規定來看，該法第二條明定「本法所稱國家機密，指為確保國家安全或利益而有保密之必要，對政府機關持有或保管之資訊，經依本法核定機密等級者」，亦即須完備該法所定之程序者，始能稱之為「國家機密」。同時，該法施行細則第十一條亦明定：「國家機密之核定，應留存書面或電磁紀錄」，故凡是未留存書面或電磁記錄者，檢察官及法官就無從認定有這麼一個存在個人腦袋裡的「國家機密」。何況，依據「國家機密保護法」第十一條規定，核定「絕對機密」者至遲在三十年後也有解密的一天，但這麼重要的「國家機密」若任由只放在個人的腦袋裡，三十年後即使仍能解密，但恐怕卻早已發生了變質。依法論法，「國家機密經核定後，應即明確標示其等級及保密期限或解除機密之條件」，而陳總統既不能在腦袋上標示機密等級、保密期限或解密條件，誰知道他還有哪些個人與國家分不清楚的機密呢？
（本評論代表作者個人之意見）