從民國69年制訂〈動員戡亂時期公職人員選舉罷免法〉因而設立「中央選舉委員會」以來，長期都是根據行政院所擬定的「組織規程」所組織與運作，直到民國89年政黨第一次輪替後，立法院雖然通過了〈公職人員選舉罷免法〉第8條的修正：「中央選舉委員…其組織另以法律定之」，卻因為朝野立委在如何任命中選會委員的方式上，其實是各自擔心中選會不能發揮「獨立行使職權」的考慮，造成立法院遲遲未能通過〈中央選舉委員會組織法〉，使得「中選會」淪為所謂的「黑機關」。
二次政黨輪替之前，歷經民進黨以機車大鎖不讓院長王金平主持會議、佔據會議室不讓國民黨委員開會等，不符合民主精神的抗爭手段，阻撓立院議事進行後，民進黨在5 月22日改採「太空漫步」，一種其他民主國家較為常見的方式延宕議事，〈中選會組織法〉在這樣溫和抗爭的氣氛下完成三讀程序，中選會確定可以擺脫黑機關的質疑。
這樣的政治發展結果顯示，國民黨畢竟掌握了立法院的絕對優勢席次，理論上擁有最終的議案審查決定權力。中選會組織法的通過，使得中選會完成法制化的結果，這點當然值得肯定。相對而言，民進黨放棄過去屢受社會大眾詬病的暴力傾向，適當的表達反對黨的立場與意見，並願意接受「服從多數」的民主原則，的確可以說不枉「民主進步」的自我期許，社會大眾也應該為他們拍拍手。同時，這也是立法院議事效能的進步，更盼望國家能走出民進黨執政八年期間，所呈現「內耗、空轉」的亂局。
我們不必諱言，過去民進黨執政時，由於單獨掌握中選會委員的任命權，而中選會在2004年「公投綁大選」及2008年「一階段二階段投票動線規劃」等，極具爭議性的選舉事務上，多數委員的決議卻明顯的附和執政黨的政治主張，而難為社會大眾所認可，因此中選會若不能「依據法律、獨立行使職權」，反而會傷害我國的民主發展。
換言之，中選會是獨立的選舉機關，國民黨重新執政後必須記取前朝的教訓，避免中選會失去了超黨派的獨立色彩。現在〈中選會組織法〉對委員的任命方式，採用了「行政、立法協力」的模式，也就是：「經行政院長提名，立法院同意後任命」，以現在行政、立法兩院屬於「一致性政府」，國民黨又掌握了立法院的絕對優勢的情況下，被民進黨質疑「藉法制化之名，全面掌控選務」自屬難免。
但歸根就底，國民黨是否願意提名適當的人選，來展現無意染指中選會的立場，固然至關重要，然而被任命委員本身是否具備獨立不偏的人格特質，同樣也是不能忽視的要件，否則組織法再怎樣修正，也不可能完全防範中選會不當的作為，未來的新任中選會委員由須以此自我惕勵，無負國人期望。
至於是否需要將現行內政部主導「選舉政策」、中選會掌管「選舉事務」的並行模式，合併交由中選會統一掌理，這裡並沒有絕對的優劣可言。不過，若從早年國民黨執政的經驗來看，只要內政部與中選會各司其職，績效不差、也未見實務上的缺失弊端，那麼，民進黨主張兩者合併，說穿了，其實還是一種凸顯反對黨立場的政治策略罷了。
（本文代表作者個人意見）