立法院於98年1月12日三讀通過「菸害防制法」第四條修正條文，將菸捐從現行每包10元調高為20元，預計每包菸品總價格將從50至60元，調漲為60至70元，預期菸捐可為健保帶來180億元收入，以專款專用方式打擊菸品走私，補助提升國民健康方案及補助國民健保費，可謂立益良善。惟開徵方式和查緝逃稅敲不定，再加上民國九十五年第一次開徵菸品健康福利捐之以補繳方式產生溢繳之五億圓尚不知如何處置，使得第二次菸品健康福利捐開徵日期無法敲定。
為避免健康福利捐調漲後，造成業者囤積舊菸而獲取不當價差引發社會負面觀感，衛生署曾多次與行政院消保會、公平會、財政部等相關部會研議後續因應事宜，鑑於各界仍有不同見解，擬出有兩種方案 (1)採標籤區隔新舊制菸捐之菸品，及(2)自新制施行日起由業者上繳庫存量之菸捐差額，依新制價格販售。但兩種方案皆有其利弊，因而造成支持正反兩方之激辯。
菸品健康捐課徵時點之選擇之成為議題係政府主要擔心業者在健康捐調漲前提早屯積，事後獲得暴利且不配合將庫存菸捐上繳國庫，造成社會負面觀感的問題。因為消費者其實在意的不是付多少的健康捐，而是在乎業者是否因此而獲得利益。所以政府不論採取由業者清點庫存上繳的方式，其或採取黏貼標籤的方式，應都會獲得消費者之支持，所不同的是拿一種開睜方式引發之爭議較少則有必要加以探討。
由於我國目前菸酒稅與消費稅的課徵時點不同。健康捐係依菸害防制法第4條規定，由菸酒稽徵機關於徵收菸酒稅時代徵之。菸酒稅法第3條規定，菸酒稅於菸酒出廠或進口時徵收之。同法第22-1條復規定，第3條至第6條及第三章關於菸酒稅徵收、納稅義務人、免稅、退稅及稽徵之規定，於菸品健康福利捐準用之，所以銷售端並無「補徵」的依據及義務。
菸酒稅法第22-1條準用第4條之規定，納稅義務人為製造商或進口商。基於租稅法定，無法強制通路商配合，只能由通路商自願清點庫存上繳。此外，一些較小的通路商，例如：檳榔攤不願配合報繳的話，實際上執行是有困難的。
健康捐的性質屬於消費稅，義務發生的時點為消費時由消費者負擔，並不因菸品進口或出廠時點而有所不同。問題在於課徵時點係於菸品進口或出廠時代徵收，故於健康捐調漲時會造成政府短徵。所以若由業者自行清點庫存上繳，代替政府「補徵」，不會有新舊制菸品價差問題。
有關健康捐課徵時點的問題，其實是課徵機制而非健康捐性質的問題。健康捐隨同菸酒稅徵收，只是為了方便，健康捐義務仍在消費時才發生。如果因為這個機制的缺陷造成健康捐調漲時稅收短缺，業者願意透過清算庫存的方式，上繳給國庫，協助政府補徵短缺的健康捐。事實上，業者如不配合將庫存菸捐上繳國庫，並無須負擔任何法律責任。
區分新舊制菸品販售，對台灣菸酒公司，四大菸商以及各大通路商，皆有建置庫存資訊系統，清點庫存絕對沒問題，這部分可以掌握到85%～90%的庫存。但其餘沒庫存資訊系統的業者，可能無法配合，對同品項卻以不同價格販售，對合法廠商不公平。如果此一方案確定之後，希望可以公告沒庫存資訊系統的業者但有配合清點上繳之廠商給社會大眾知道，以避免社會大眾誤解政府有圖利廠商之嫌。
最後，菸品健康福利捐調漲對提供了走私煙極大之誘因，因此對於私菸及逃漏稅捐的菸品，衛生署和財稅單位原本有聯合稽查小組，於未來菸捐提高後，違規情形將更形嚴重下，相關部會應視情況擴大聯合稽查的人員編制，或是增加稽查的頻率，以抑制走私煙氾濫，才不抹煞了提高菸品健康福利捐之立法美意。
（本評論代表作者個人之意見）
（本文2009.3.19刊登於人間福報社論）