本事件牽涉到檢察機關犯罪調查與尊重國會尊嚴的權力分際問題。無論就尊重「主權在民」的理念或民主的體制而言，做為全國最高民意機關的立法院，應該享有「國會自治」（autonomy of parliament），國家的治安機關，包括檢、調、警、軍，在未經國會議長的許可時，皆不能夠進入國會及其所屬機構內行使公權力，國會自治權的賦予已成為民主國家的常規，國會自有其法定內部的警察單位負責行使公權力，此即國會議長擁有的國會秩序權及警察權。西方民主國家的憲法及法律莫不明文規定議會擁有此項權力，例如德國基本法第四０條第二項、美國憲法第一條第五項第二款、日本憲法第五八條第二項等。
我國憲法與立法院組織法雖沒有相關立法例，然依憲法的精神，以及立法院組織法第十四條、第三一條設立警衛隊的旨意觀之，應承認立法院擁有此項自治權力。同時所謂「國會」，除立法院議事大樓外，也應及於委員辦公室、研究室及其他院屬建築物，此為法規解釋之當然，因此檢方此次搜索立委國會辦公室，即已侵犯了國會自治以及國會尊嚴，而成為違憲的反民主行為。
另查憲法增修條文第四條第六項規定，「立法委員除現行犯外，在會期中，非經立法院許可，不得逮捕或拘禁。」雖僅言及在會期中應保障立委免受逮捕拘禁，但此權利在解釋上應予擴張及於免受搜索扣押，以完整維護國會議員之權利；再者，即便在會期外立委無此特權，但既然本事件搜索場地是在國會內，即與立委的特權無涉，而係國會尊嚴的問題。因此，論就本件搜索事件，已非單純涉及立委個人的人身保障，而係國家憲政體制的尊嚴問題。職是之故，吾人必須以「人事分離」原則評論此事即可，避免涉及廖福本委員個人的形象問題。
更何況刑事訴訟法第一四九條明定搜索政府機關須通知機關長官到場後始得執行，此政府機關當不限於行政院所屬機關而言，而應及於總統府，立法、司法、考試及監察四院與其他地方政府機構，今檢察機關卻知法違法，堪為民主法治的不良示範。
本事件如發生在西方民主國家，一定會引發政壇巨大波濤。檢察機關的上級——即法務部部長必須因此負起政治責任，並親赴立法院報告事件經過、道歉並嚴懲搜索之人員。如法務部長係本事件的主謀時，則應辭職下台以示負責。