民進黨秘書長吳乃仁八月七日表示，唐飛只想維持舊官僚體系的穩定，不但無法統合財經部會發言口徑，也無法以新思維打開行政、立法互動僵局，更拿不出魄力果斷懲處八掌溪事件失職官員，他對唐飛已經沒有信心、也沒有期待。吳乃仁又強調，陳總統雖然急於有所作為，但以各種跡象看來，陳水扁與唐飛間缺乏合作默契。且陳水扁在人事上必須處處和唐飛妥協，執政效果有限。長此下去，對於民進黨只有壞處沒有好處。
從民進黨祕書長對唐飛之批評，顯示扁唐體制間確實存有矛盾，並非如陳總統所描述一般和諧。再與陳水扁總統宣示研究修憲為總統制一事觀之，恐怕唐內閣階段性任務已近尾聲。
吳乃仁之發言，至少有二層意義：
第一，吳乃仁之發言，顯示民進黨中央在表面上對於扁唐體制雖然維持著支持的立場，在實際上卻是不支持的，尤其認為「唐內閣將使民進黨於立法委員改選時慘敗」的看法，逐漸浮出檯面。
第二，吳乃仁之發言，可能有為「扁長合作」探路之意味。因為就民進黨內部而言，謝長廷為黨主席，對於國家政策，不宜沒有任何發言權及形成權，但現實是：謝長廷在政策上並無實際發言權。此外，「扁長合作」對於民進黨而言，一向是票房保證。姑不論雙方是否互有心結，為了維護民進黨之執政基礎，一般黨員對「扁長合作」是樂觀其成的。
吳乃仁事件顯示陳水扁總統全民政治之理念，並未受到民進部內部普遍認同。未來，我國仍須回歸政黨政治的正軌，始能正本清源，否則所謂的責任政治，將淪為空談。
