當然，司法追訴國務機要費弊案那是必然的事，因為當陳水扁卸任那一天，憲法賦予國家元首享有刑事豁免權的保障就不再適用，此其一；同時，雖然陳水扁曾以大法官會議第六百二十七號解釋中「總統的國家機密特權」為藉口，要求法院歸還已被扣押的國務機要費卷證，但是迄今為止，經由法院採取法律程序使得這些卷證並未曾歸還，都還在法院中，所以五二零之後，法院就可以依據這些卷證，正式啟動對陳水扁的調查與追訴程序。
即使是卸任前最後一天，受到憲法的規範，法院還是不能傳喚陳水扁，但五二零之後，只要陳水扁的總統職權一交接，就算吳淑珍仍然「稱病請假」不出庭、而不接受法院的審理程序，由於在陳瑞仁檢察官的起訴書中，已經認定陳水扁是「共同正犯」，所以陳水扁本人就必須直接面對司法的審判。
觀諸最近立法院民進黨黨團曾經釋放訊息，希望以陳水扁「特赦」余文，來換取國民黨團支持修正會計法第九十九條之一，想要讓國務機要費除罪化，顯示民進黨自己也心中有數，他們知道陳水扁卸任後，必然無所逃於司法的追訴，所以他們才想釜底抽薪，讓法律上將國務機要費加以除罪化，那就不必擔心陳水扁的有罪定讞判決，會再一次重創人民對民進黨的認同。
不過，從程序上來說，目前在立院國會中，民進黨也不過才區區二十七席，這種修法的程序只要國民黨不點頭，就絕無通過的可能，所以民進黨這一招實現的機率可以忽略掉。而且再從實質上而論，如果吳淑珍個人購買鑽戒的發票，都可以申報國務機要費，而卻因修法而免除貪瀆罪刑，那麼面對過去以及未來所追訴的其他貪官污吏，國家又該如何自處？還有什麼「正義」可言？
所以陳水扁卸任以後，涉及貪污罪而被司法追訴的發展，都是可以預期的未來走向。司法程序走完三審定讞的程序時，一個合理的確信是，他被判決貪污有罪的機率也很大，除非法院的判決「奇怪」到與「一般司法認知都完全違背」，不然根據目前既有的證據，就足以令陳水扁難逃國法制裁。事實上，法院會有「奇怪的判決」的可能性，應該非常的低，否則進一步受傷害的將是「司法公信力」。
未來在陳水扁未被判決有罪前，他還是「卸任元首」，就算排除政治因素的質疑，以我們重視「情（人情、情面）」的文化內涵來說，應該會受到一定的禮遇與尊重。所以，除非檢、審方面認為陳水扁有逃亡之虞，他不可能被限制住居或出境，事實上，如果陳水扁要帶著吳淑珍一起逃亡，可以想見必然是非常困難的事。
至於有人說其他檢察官若依據釋字第六二七號解釋，對國務機要費進行「再調查」的程序，有可能是想為陳水扁脫罪的論點，這種發展結果的機率也非常之低，因為除了前述鑽戒的問題，還有吳淑珍收受商人餽贈的名錶，再向經銷商更換更高價的款式，並且開立新的發票而申報國務機要費的事實，都有非常確切的證據。就陳瑞仁檢察官已經查獲的事證，陳水扁已經罪無可逭了，不可能有第二種結果。
有關「特赦」問題，這是政治考量，與司法問題關係不大，而且陳水扁所涉國務機要費的貪瀆案件，要三審定讞可能就需要相當的一段時間，到時候的政治情勢需不需要特赦他？整體環境現在根本難以逆料，所以倒是沒有必要現在就預先加以考量了。
五二０後 陳水扁難逃司法追訴
作者隋杜卿
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