今年開始實施的最低稅負制（即所得基本稅額條例），為減輕證券交易所得免稅造成的租稅不公，特地將個人未上市櫃之證券交易所得與企業之所有證券交易利得，皆納入最低稅負的計算中。外資部分，除了在「中華民國境內無固定營業場所及營業代理人之營利事業」外，亦須適用相同的規定。換言之，外商經由在台分支機構投資股票之交易所得，若達到課稅所得加計免稅所得逾二百萬元以上者，即須按百分之十繳納最低稅負。據此，外商總公司在台的證券交易所得，均要與在台分支機構之所得合併報稅，如此會大大增加外資（包括總公司在內）的資本利得面臨被課徵最低稅負所得稅的機率。這個問題率先由外商金融機構提出，由於政府向來非常重視外資進出對我國資本市場與經濟景氣的影響，是故乃立即成為行政院關切的一項重要議題。
有關外國企業在台所得的課稅，主要是規範在所得稅法中，最低稅負制乃是為補正現行免稅所得不公而成立的制度，它雖是與所得稅法平行的法律，但對所得課稅的基本架構與法制大都仍須以所得稅法為準。依照所得稅法第三條，「營利事業之總機構在中華民國境外，而有中華民國來源所得者，應就其在中華民國境內之營利事業所得」課稅。又，同法第四十一條規定，「營利事業之總機構在中華民國境外，其在中華民國境內之固定營業場所或營業代理人，應單獨設立帳簿，並計算其營利事業所得稅」。由此可知，外國企業若在台有分支機構，即應就其在台所得，由分支機構負責結算申報課稅。分支機構並沒有獨立人格，其所有行為即等同於總公司的法律行為。至於，在我國無固定營業場所及營業代理人的外國企業，除了有符合所得稅法第八十八條規定之各項適用扣繳的所得外，其餘所得皆應以申報方式納稅。按此課稅架構，外國企業在台之證券交易所得，若有分支機構，自應併入分支機構所有所得課稅；若無分支機構，則若非扣繳亦應依法申報納稅。惟由於我國目前對證券交易所得免稅，故此二種情況的課稅結果，對外國企業而言，並無任何差別。
既然所得稅法的課稅設計與規定明確若此，按理說，當最低稅負制將證券交易所得納入課稅時，即不應違逆此一基本課稅精神。惟由於前財政部長林全擔心外資對最低稅負的疑慮與反彈，可能引發資本市場的動盪不安，故乃承諾在台無固定營業場所及營業代理人之外國企業，可不適用最低稅負制的約束。就因為這個輕率的決定，以致於如今引起外資對證券交易所得課稅的爭議。外資透過特定帳戶在台投資的資本利得，若能解釋為與其分支機構無關而視同為「無固定營業場所及營業代理人」，則其便無須繳納最低稅負。反之，其證券交易所得須與分支機構之其他所得合併計算，最終跨過最低稅負二百萬元納稅門檻的機構便會增加。此亦即最低稅負制與所得稅法課稅原則不相一致所造成的後遺症。
據悉行政院要求財政部儘速擬定解決此一問題的方案，可能的作法有二，一為修法，另一為訂定行政命令。有關前者，主要的考量與選擇有下列四種狀況。第一，不論有無分支機構都課最低稅負，回歸所得稅法精神；第二，不論有無分支機構皆不課最低稅負，給了外資確定而優惠的地位，完全與所得稅法脫鉤；第三，依立法院日前修法對外國企業在台股利所得的作法，不論有無分支機構，一律分離課稅；第四，維持目前一課一免規定，俟法律適用一段期間後，再作評估與修正。各種方案皆有優劣，財政部須要分從最低稅負制的實施目的、內外資企業的課稅公平、所得種類與性質的差異、以及資本市場的健全發展等角度，作出一最符合社會利益的決定。至於想以訂定行政命令的方式，硬將某些外商之固定營業場所解釋成「非分支機構」，藉以逃避法律的適用，我們則期期以為不可。這種作法，不但便宜行事與破壞法制，更會造成外國企業分支機構課稅制度的混亂，政府將為此付出極大的稽徵成本與代價。
據悉財政部日前在參加行政院財經小組會議後，對於原來所堅持的「依法行政」態度，顯得有些氣短與保留。我們於此鄭重呼籲，對此一問題的解決，財政部應以周延的法制精神為本，據理力爭，而行政院則應以尊重專業的原則為重，審慎裁奪，庶幾萬勿傷害社會大眾對稅改剛燃起的一絲信心與期待。
（本評論代表作者個人之意見）
（本文刊登於95年6月13日工商時報論壇）
