依據該草案，在政策面有二大改革方向，第一，軍法改革：鑒於軍事審判制度關係國家安全與軍事需要，相關變革涉及國家重大制度，將於近期邀請司法院、法務部及學者專家，就制度面全面檢視後，提出完整修法配套法案。原則上，將與軍事勤務及軍事機密無關聯之犯罪行為移請司法機關偵審，作為修法方向，其中長官凌虐部屬部分將優先修法交由司法機關審判。第二，陸海空軍懲罰法制度改革，針對「禁閉、悔過、管訓」懲罰機制，甲案建議刪除此等懲罰種類，以回應兩公約對人權保障之理念，並同步檢討增加罰薪、罰勤、禁足等其他懲罰種類之懲度，以兼顧維護軍紀之需要。乙案則建議維持此等懲罰種類，並建立訴願、行政訴訟或其他司法程序救濟。
我國憲法條文本身並未對軍事審判之制度建構有任何規定，僅在第九條規定：「人民除現役軍人外，不受軍事審判。」依據司法院大法官釋字第四三六號解釋，憲法第九條規範意旨「係在保障非現役軍人不受軍事審判，非謂軍事審判機關對於軍人之犯罪有專屬之審判權，而排除現役軍人接受普通法院之審判」。現行制度是承認國防部下屬之軍法官及軍事法院享有軍事審判權，但允許現役軍人於平時經終審軍事審判機關宣告有期徒刑以上之案件，得向普通法院以判決違背法令為理由提起上訴請求救濟。
但是我們認為民主社會軍事審判機關所行使者，早已不是三軍統帥權，而是屬於國家刑罰權，是司法權的一環。準此，應該是司法院主導軍事審判回歸一般司法的規劃與設計，包括組織的轉換與人員轉任，而不是國防部。其次，軍事審判既屬司法權，自應全然移由司法院所屬各級法院掌理（但可成立軍事專庭），方符憲法第七十七條司法院為國家最高司法機關掌理刑事訴訟審判之意旨。但目前草案建議軍事勤務及軍事機密無關聯以及凌虐部屬之犯罪行為才移請司法機關偵審，然而，扣除掉洩漏軍事機密、凌虐部屬及阻礙部屬陳情罪，陸海空軍刑法處罰的行為絕大部分幾乎都與軍事勤務有關，連最為民間詬病的現役軍人死亡勘驗也並未因此移請司法機關偵審而是繼續保留在軍中，甚為不妥。
再者，四三六號解釋在16年前就已經指出「於憲法保障人身自由、人民訴訟權利及第七十七條之意旨，應就軍事審判制度區分平時與戰時予以規範」，現在看來確屬的論。國防部應協助司法院與立法院著手規劃戰時軍事審判制度及戰時軍事刑法。
除了刑罰，軍人還受到陸海空軍懲罰法的規範，屬於行政罰。軍人懲罰屬憲法第二十四條所稱之公務員懲戒，必須有法律之依據，受法律保留原則之拘束，並符合憲法保障人民基本權、明確性原則、比例原則等要求。受懲戒人對於懲戒處分不服，得依法定程序尋求救濟。以此而論，現行陸海空軍懲罰法至少有二處違憲之處甚為彰顯，國防部對此欠缺完整認識。
其一，依據該法第二十四條之一，有關剝奪軍人人身自由的懲罰（嚴格說來限於悔過及禁閉）不經法院判決為之，不符憲法第八條「人民身體之自由應予保障。非由法院依法定程序，不得審問處罰」要求，未來宜交由軍事法院審理，否則即應廢止。其二，該法第二十二條規定僅撤職處分得依法提起訴願、行政訴訟；對其他懲罰處分，如有不服，僅得向上級申訴，然而申訴並無法律效力及再救濟之管道，明顯違反憲法第十六條之訴訟權保障。
綜合以上所述，司法院應主導軍事審判回歸一般司法的規劃與設計，國防部應負責陸海空軍懲罰法的改進，協助司法院與立法院著手規劃戰時軍事審判制度及戰時軍事刑法。如此才能使軍事審判與懲戒制度真正合憲與合理。
（本文刊登於中國時報A15版 102.07.30 “軍事審判回歸一般司法 司法院應主導）
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