行政院環境保護署於民國76年成立之後，24年來戮力於環境品質維護管理與法制化建制的工作。目前在水質、土壤、空氣、廢棄物、毒化物、地下水等環境基質(matrix)的管理部分，都建構了完備法令與檢測技術規範等管理機制；惟水體下層的「底泥」尚缺直接規範管理法令。99年2月3日在修訂《土壤及地下水污染整治法》(簡稱《土污法》)時，為了能解決缺乏「底泥」管理法規的執法困境，特別在該法第6條將「底泥」增列為整治項目，明訂「河川、灌溉渠道、湖泊、水庫等水體之目的事業主管機關，應定期檢測底泥品質狀況，與底泥品質指標比對評估後申報備查」；並於修法公布後一年(100年2月3日)起實施。
為了符應《土污法》修法後的授權與管理執行，環保署另於100年9月8日發布『土壤底泥及地下水污染物檢驗測定品質管制準則』，於11月15日起實施；11月起更公告了『底泥品質指標、分類管理及用途線制辦法』及『各目的事業主管機關定期檢測底泥品質狀況及申報備查作業辦法』二項草案，並召開公聽會廣徵各界意見，期能強化對整體水域環境的各類品質維護；預計今年底完成意見整合，將正式公告實施。
「底泥」係水體中因重力作用而沉降堆積於水域底部，由砂礫、黏土、粉土及其它物質混合而成的軟質混合物；由於具污染複雜性與長期累積性、與水中生物直接接觸、易透過生態系及食物鏈傳布、整治工作難度高不易周全，因此過去整治或濬渫都缺乏可判準之依據。唯一的『灌溉溝渠底泥處置作業行政指引』無法適用於其它水體的管理，所以亟須將各類水體底泥管理指標與法令制度化。
多年來地面水體水質(河川與海洋)的管理及污染改善已經有相當成果，但底泥污染程度與水質良窳息息相關，若成為管制的「漏網污源」，確實影響水質改善成效。環保署為了配合底泥相關法令的建置需要，本年度特別編列預算委託學術單位進行「底泥污染來源及傳輸模式調查計畫」的專案計畫，並且先「以重點河川為例」以瞭解其水質變化與底泥的相關性。經過學者專家的篩選，選定北部地區重要河川「大漢溪」作為本項專案計畫的調查研究對象，並非大漢溪是全台最毒、中金屬污染嚴重；此項前導專案計畫全程將執行二年。其實被列為優先調查的污染河段，還包括淡水河本流、新店溪、基隆河、南崁溪、老街溪、新虎尾溪、濁水溪、急水溪、鹽水溪、二仁溪、北港溪、愛河及阿公店溪，日後也將陸續展開底泥污染程度的調查與採樣檢測。
未來有關底泥定期檢測及品質狀況調查的實施，在法令公告施行的最初三年，各主要河川每年應至少於豐水期及枯水期各檢測一次，以建立「底泥品質基線資料檔」，依據此普查所得基線資料，規畫為期四年的「污染潛勢區細部檢測調查計畫」；完成之後，每五年必須普查一次，再釐定新的「污染潛勢區細部檢測調查計畫」；如此週而復始，以便適時更新河川水體底泥的基線資料檔。
依照環保署的規劃，納入底泥定期檢測調查的「河川」有121條(中央管25條、縣市管96條)、每條平均4個底泥採樣點，共484點；「灌溉渠道」幹線、支線共有8,560公里，平均每20公里一採樣點，約有428點；「湖泊水庫」有50座，每座3點共150點。總計河川水體的底泥採樣點數將達1060個以上。採樣分析檢測的指標項目有八項重金屬(銅、鋅、鉛、鎘、鉻、鎳、銀、汞)、砷、多氯聯苯、戴奧辛、有機氯農藥、多環芳香烴、鄰苯二甲酸酯、多溴聯苯醚等嚴重影響健康與生態的元素及化合物。另一方面，也將著手訂定「底泥之環境影響與健康風險、技術與經濟效益評估方法」及「審查原則」，冀以周全的管理法制與技術，確保底泥的環境安全性，保障國人健康及環境品質不受危害。